NBDC Research ID: hum0206.v1
研究内容の概要
目的： 胎盤異常を呈する全胞状奇胎（complete hydatidiform mole: CHM）の病態を解明するため、CHMより樹立したヒト胎盤栄養膜幹細胞（Trophoblastic stem cell：TS）の細胞特性を明らかにする
方法： 遺伝子発現解析（RNA-seq）、メチル化解析（PBAT-seq）
対象： CHM3症例の胎盤から単離した細胞性栄養膜細胞（Cytotrophoblast cell：CT）2検体、および、CT細胞から樹立したTS細胞株3検体
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000207 | NGS（PBAT-seq、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2019/11/26 |
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分子データ
| 対象 |
CHM（ICD10：O01）：3症例 TS細胞：3検体 |
| 規模 | PBAT-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 1500/2500] |
| ライブラリソース | CHM由来CT細胞から樹立したTS細胞株から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Post-Bisulfite Adaptor-Tagging（PBAT）法 |
| 断片化の方法 | PBAT法による（Bisulfite変換に伴うDNA切断） |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000292 |
| 総データ量 | 203 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
CHM（ICD10：O01）：3症例 CT細胞：2検体 TS細胞：3検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | CHMの胎盤から単離したCT細胞およびCT細胞から樹立したTS細胞株から抽出したmRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000292 |
| 総データ量 | 203 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 有馬 隆博
所 属 機 関： 東北大学大学院 医学系研究科 環境遺伝医学総合研究センター 情報遺伝学分野
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業 ユニットタイプ（AMED-CREST） | ヒト胎盤の発生・分化に関する理解と臓器チップモデルの作製 | JP19gm1310001 |
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業 ユニットタイプ（AMED-CREST） | 生殖発生にかかわる細胞のエピゲノム解析基盤研究 | JP17gm0510011 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Loss of p57KIP2 expression confers resistance to contact inhibition in human androgenetic trophoblast stem cells | doi: 10.1073/pnas.1916019116 | JGAD000292 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000292 | 2022/12/26-2025/03/31 |
