NBDC Research ID: hum0095.v1

 

研究内容の概要

目的: 大腸における発がん早期の遺伝子変異の特徴を明らかにし、発がん機序を解明する

方法: 診断に影響のない範囲で切除標本の腫瘍組織および正常粘膜(症例コントロール)を採取した上でDNAを抽出し全エクソームシーケンスを実施した。

対象: 大腸腺腫もしくは大腸がん早期病変 計10症例

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000092 NGS(Exome) 制限公開(Type I) 2018/07/30

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分子データ

JGAS00000000092

対象

大腸腺腫もしくは大腸がん早期病変:計10症例

63検体(腫瘍組織:53検体、非腫瘍組織(正常大腸粘膜組織):10検体)

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 大腸腺腫もしくは大腸がん早期病変の腫瘍組織と非腫瘍組織(正常大腸粘膜組織)より抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect Human ALL Exon V5
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000092
総データ量 682 GB (fastq)
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提供者情報

研究代表者: 三森 功士

所 属 機 関: 九州大学病院 別府病院 外科

プロジェクト/研究グループ名: -

URL: https://www.beppu.kyushu-u.ac.jp/geka/index.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 若手研究(B) 次世代シーケンサーによる大腸前がん病変からがんへの進化に関わる遺伝子の解明 16K19107

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 A temporal shift of the evolutionary principle shaping intratumor heterogeneity in colorectal cancer doi: 10.1038/s41467-018-05226-0 JGAD00000000092
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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間