NBDC Research ID: hum0095.v1
研究内容の概要
目的： 大腸における発がん早期の遺伝子変異の特徴を明らかにし、発がん機序を解明する
方法： 診断に影響のない範囲で切除標本の腫瘍組織および非腫瘍組織（正常粘膜：症例コントロール）を採取した上でDNAを抽出し全エクソームシーケンスを実施した。
対象： 大腸腺腫もしくは大腸がん早期病変 計10症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000092 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2018/07/30 |
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分子データ
| 対象 |
大腸腺腫もしくは大腸がん早期病変：計10症例 63検体（腫瘍組織：53検体、非腫瘍組織（正常大腸粘膜組織）：10検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 大腸腺腫もしくは大腸がん早期病変の腫瘍組織と非腫瘍組織（正常大腸粘膜組織）より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human ALL Exon V5 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000092 |
| 総データ量 | 682 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 三森 功士
所 属 機 関： 九州大学病院 別府病院 外科
プロジェクト/研究グループ名： -
URL： https://www.beppu.kyushu-u.ac.jp/geka/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 若手研究（B） | 次世代シーケンサーによる大腸前がん病変からがんへの進化に関わる遺伝子の解明 | 16K19107 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | A temporal shift of the evolutionary principle shaping intratumor heterogeneity in colorectal cancer | doi: 10.1038/s41467-018-05226-0 | JGAD000092 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 白石 航也 | 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 | ゲノム解析に基づく宿主並びに腫瘍における免疫応答ネットワーク機構の解明 | JGAD000092 | 2019/08/05-2023/03/31 |
