NBDC Research ID: hum0055.v1

 

研究内容の概要

目的: ゲノムワイドなエピゲノム解析(mRNA発現定量)を用いた検討により、非アルコール性脂肪肝性疾患(non-alcoholic fatty liver disease:NAFLD)の発症や進展に関連した遺伝子を同定し、その病態を明らかにする。

方法: 肝組織から抽出したmRNAを対象としたRNA-seq解析

対象: NAFLD患者由来の肝組織60検体

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000059 NGS(RNA-seq) 制限公開(Type I) 2017/02/20

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分子データ

JGAS00000000059

対象 NAFLD患者由来の肝組織:60検体
規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース NAFLD患者由来の肝組織から抽出したmRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Agilent SureSelectXT RNA Target Enrichment for Illumina Multiplexed Sequencing
断片化の方法 化学的に断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000059
総データ量

307 GB(fastq [3,516,104,874 reads / 974 files)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究(研究領域提案型)『生命科学系3分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」(「ゲノム支援」)による支援を受けました。

 

提供者情報

研究代表者: 堀田 紀久子

所 属 機 関: 大阪大学 医学部附属病院 未来医療開発部

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 異所性脂肪蓄積の遺伝素因と環境因子の検索と前向き追跡調査での検証 25461343
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 非アルコール性脂肪肝疾患のゲノム・エピゲノム解析による病態解明と診断方法の開発 16K09781
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 非アルコール性脂肪肝障害の発症・進行に関連する遺伝素因と環境因子の解析 26460999

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Identification of core gene networks and hub genes associated with progression of nonalcoholic fatty liver disease by RNA sequencing doi: 10.1111/hepr.12877 JGAD00000000059
2      

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
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