NBDC Research ID: hum0055.v1

 

研究内容の概要

目的: ゲノムワイドなエピゲノム解析(mRNA発現定量)を用いた検討により、非アルコール性脂肪肝性疾患(non-alcoholic fatty liver disease:NAFLD)の発症や進展に関連した遺伝子を同定し、その病態を明らかにする。

方法: 肝臓組織から抽出したmRNAを対象としたRNA-seq解析、および、肝臓組織から抽出したDNAを対象としたメチル化アレイ解析

対象: NAFLD患者由来の肝臓組織56検体についてはRNAシークエンスとメチル化解析の両方、4検体はRNAシークエンスのみ、4検体はDNAメチル化解析のみ、(計64検体)

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000059

NGS(RNA-seq)

メチル化アレイ

制限公開(Type I) 2017/02/20

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分子データ

RNA-seq

対象 NAFLD患者由来の肝臓組織:60検体
規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース NAFLD患者由来の肝臓組織から抽出したmRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Agilent SureSelectXT RNA Target Enrichment for Illumina Multiplexed Sequencing
断片化の方法 化学的に断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000059
総データ量

307 GB(fastq [3,516,104,874 reads / 974 files)

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メチル化アレイ

対象 NAFLD患者由来の肝臓組織:60検体(56検体RNA-seqと重複)
規模 メチル化アレイ
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina Infinium® Human Methylation 450K BeadChip
ソース NAFLD患者由来の肝臓組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン)

バイサルファイト変換:EZ DNA Methylation™ Kit(Zymo Research)

メチル化解析:Infinium® Human Methylation 450K BeadChip kit(Illumina)

メチル化率決定アルゴリズム(ソフトウェア) GenomeStudio Software (Illumina)
フィルタリング

除外プローブ:

2サンプル以上で蛍光強度がバックグランドと区別できないプローブ(検出力 p>0.05)

5%以上のサンプルでビーズ数が3未満のプローブ

SNPが存在するプローブ

交差反応するプローブ

マイクロアレイ標準化方法

DNAメチル化の生データはインターナル・コントロールのプローブで補正。

2つのタイププローブについてはbeta-mixture quantile normalizationにて補正。

バッチエフェクトはComBat(R/Bioconductor package ChAM)にて補正。

プローブ数(QC後) 431,736 CpGs(常染色体上、reference [hg19])
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000059
総データ量 300 MB(txt)
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※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究(研究領域提案型)『生命科学系3分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」(「ゲノム支援」)による支援を受けました。

 

提供者情報

研究代表者: 堀田 紀久子

所 属 機 関: 大阪大学 医学部附属病院 未来医療開発部

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 異所性脂肪蓄積の遺伝素因と環境因子の検索と前向き追跡調査での検証 25461343
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 非アルコール性脂肪肝疾患のゲノム・エピゲノム解析による病態解明と診断方法の開発 16K09781
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 非アルコール性脂肪肝障害の発症・進行に関連する遺伝素因と環境因子の解析 26460999

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Identification of core gene networks and hub genes associated with progression of nonalcoholic fatty liver disease by RNA sequencing doi: 10.1111/hepr.12877 JGAD00000000059
2 Identification of the genomic region under epigenetic regulation during nonalcoholic fatty liver disease progression. doi: 10.1111/hepr.12992 JGAD00000000059

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間