NBDC Research ID: hum0055.v1
研究内容の概要
目的： ゲノムワイドなエピゲノム解析（mRNA発現定量）を用いた検討により、非アルコール性脂肪肝性疾患（non-alcoholic fatty liver disease：NAFLD）の発症や進展に関連した遺伝子を同定し、その病態を明らかにする。
方法： 肝臓組織から抽出したmRNAを対象としたRNA-seq解析、および、肝臓組織から抽出したDNAを対象としたメチル化アレイ解析
対象： NAFLD患者由来の肝臓組織56検体についてはRNAシークエンスとメチル化解析の両方、4検体はRNAシークエンスのみ、4検体はDNAメチル化解析のみ、（計64検体）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000059 | 制限公開（Type I） | 2017/02/20 |
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分子データ
| 対象 | NAFLD患者由来の肝臓組織：60検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | NAFLD患者由来の肝臓組織から抽出したmRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Agilent SureSelectXT RNA Target Enrichment for Illumina Multiplexed Sequencing |
| 断片化の方法 | 化学的に断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000059 |
| 総データ量 |
307 GB（fastq [3,516,104,874 reads / 974 files） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | NAFLD患者由来の肝臓組織：60検体（56検体RNA-seqと重複） |
| 規模 | メチル化アレイ |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina Infinium® Human Methylation 450K BeadChip |
| ソース | NAFLD患者由来の肝臓組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） |
バイサルファイト変換：EZ DNA Methylation™ Kit（Zymo Research） メチル化解析：Infinium® Human Methylation 450K BeadChip kit（Illumina） |
| メチル化率決定アルゴリズム（ソフトウェア） | GenomeStudio Software （Illumina） |
| フィルタリング |
除外プローブ： 2サンプル以上で蛍光強度がバックグランドと区別できないプローブ（検出力 p>0.05） 5%以上のサンプルでビーズ数が3未満のプローブ SNPが存在するプローブ 交差反応するプローブ |
| マイクロアレイ標準化方法 |
DNAメチル化の生データはインターナル・コントロールのプローブで補正。 2つのタイププローブについてはbeta-mixture quantile normalizationにて補正。 バッチエフェクトはComBat（R/Bioconductor package ChAM）にて補正。 |
| プローブ数(QC後) | 431,736 CpGs（常染色体上、reference [hg19]） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000059 |
| 総データ量 | 300 MB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究（研究領域提案型）『生命科学系３分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」（「ゲノム支援」）による支援を受けました。
提供者情報
研究代表者： 堀田 紀久子
所 属 機 関： 大阪大学 医学部附属病院 未来医療開発部
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 異所性脂肪蓄積の遺伝素因と環境因子の検索と前向き追跡調査での検証 | 25461343 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 非アルコール性脂肪肝疾患のゲノム・エピゲノム解析による病態解明と診断方法の開発 | 16K09781 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 非アルコール性脂肪肝障害の発症・進行に関連する遺伝素因と環境因子の解析 | 26460999 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Identification of core gene networks and hub genes associated with progression of nonalcoholic fatty liver disease by RNA sequencing | doi: 10.1111/hepr.12877 | JGAD000059 |
| 2 | Identification of the genomic region under epigenetic regulation during nonalcoholic fatty liver disease progression. | doi: 10.1111/hepr.12992 | JGAD000059 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| Pablo Giraudi | Fondazione Italiana Fegato | JGAD000059 | 2018/12/18-2018/12/31 | ||
| 野島 正寛 | 東京大学・医科学研究所 | JGAD000059 | 2019/01/21-2022/03/31 | ||
| Robert Tsai | Institute of Biosciences & Technology, Texas A&M Health Science Center | Genome-wide Discovery of new Plasma DNA Mehylation Makers for Tracking the Progression of NAFLD to NASH and HCC | JGAD000059 | 2020/11/06-2022/08/31 | |
| 堀田 紀久子 | 大阪大谷大学 薬学部 薬物治療学講座 | 非アルコール性脂肪肝疾患のエピゲノム解析 | JGAD000059 | 2021/11/05-2024/03/31 | |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000059 | 2022/12/26-2025/03/31 |
