NBDC Research ID: hum0316.v1
研究内容の概要
目的: 日本人の食道扁平上皮がんにおけるゲノム変異を探索する
方法: 食道扁平上皮がん切除切片における非腫瘍組織(正常組織)および腫瘍組織より抽出したDNAを用いたWhole Genome Sequencing解析、ならびに、腫瘍組織より抽出したRNAを用いたRNA-seq解析。
対象: 食道扁平上皮がん症例の腫瘍組織および非腫瘍組織
データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
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JGAS000535 | 制限公開(Type I) | 2022/05/26 |
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分子データ
対象 |
食道扁平上皮がん (ICD10:C15.9):81症例(内、71症例はRNA-seqも実施) 腫瘍組織:81検体、非腫瘍組織:81検体 |
規模 | WGS |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
ライブラリソース | 食道扁平上皮がん切除切片における腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | TruSeq DNA Sample Prep kit |
断片化の方法 | 超音波断片化(Covaris) |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 125 bp |
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000654 |
総データ量 | 812.3 GB(fastq) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
対象 |
食道扁平上皮がん (ICD10:C15.9):100 症例(うち71症例はWGSも実施) 腫瘍組織:100 検体 |
規模 | RNA-seq |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
ライブラリソース | 食道扁平上皮がん切除切片における腫瘍組織から抽出したRNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | TruSeq Stranded mRNA Library Preparation kit |
断片化の方法 | 熱処理 |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 127 bp |
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000654 |
総データ量 | 812.3 GB(fastq) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者: 中川 英刀
所 属 機 関: 理化学研究所 生命医科学研究センター がんゲノム研究チーム
プロジェクト/研究グループ名:-
科研費/助成金(Research Project Number):
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
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日本医療研究開発機構(AMED) 次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) | がんゲノム解析による新規免疫療法および複合免疫療法開発のためのシーズ探索 | JP20cm0106552 |
関連論文
タイトル | DOI | データID | |
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1 | Immuno-genomic Profiling of Biopsy Specimens Predicts Neoadjuvant Chemotherapy Response in Esophageal Squamous Cell Carcinoma | JGAD000654 | |
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制限公開データの利用者一覧
研究代表者 | 所属機関 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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