NBDC Research ID: hum0316.v1

研究内容の概要

目的： 日本人の食道扁平上皮がんにおけるゲノム変異を探索する

方法： 食道扁平上皮がん切除切片における非腫瘍組織（正常組織）および腫瘍組織より抽出したDNAを用いたWhole Genome Sequencing解析、ならびに、腫瘍組織より抽出したRNAを用いたRNA-seq解析。

対象： 食道扁平上皮がん症例の腫瘍組織および非腫瘍組織

データID	内容	制限	公開日
JGAS000535	NGS（WGS） NGS（RNA-seq）	制限公開（Type I）	2022/05/26

データID

内容

制限

公開日

JGAS000535

制限公開（Type I）

2022/05/26

※リリース情報はこちら

※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。

分子データ


対象	食道扁平上皮がん（ICD10：C15.9）：81症例（内、71症例はRNA-seqも実施）腫瘍組織：81検体、非腫瘍組織：81検体
規模	WGS
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース	食道扁平上皮がん切除切片における腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	TruSeq DNA Sample Prep kit
断片化の方法	超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	125 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000654
総データ量	812.3 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy


対象	食道扁平上皮がん（ICD10：C15.9）：100 症例（うち71症例はWGSも実施）　　腫瘍組織：100 検体
規模	RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース	食道扁平上皮がん切除切片における腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	TruSeq Stranded mRNA Library Preparation kit
断片化の方法	熱処理
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	127 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000654
総データ量	812.3 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 中川英刀

所属機関： 理化学研究所生命医科学研究センターがんゲノム研究チーム

プロジェクト/研究グループ名：-

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED）次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE）	がんゲノム解析による新規免疫療法および複合免疫療法開発のためのシーズ探索	JP20cm0106552

	タイトル	DOI	データID
1	Immuno-genomic Profiling of Biopsy Specimens Predicts Neoadjuvant Chemotherapy Response in Esophageal Squamous Cell Carcinoma	doi: 10.1016/j.xcrm.2022.100705	JGAD000654
2

研究代表者	所属機関	国・州名	研究題目	利用データID	利用期間
浜田道昭	早稲田大学理工学術院	日本	RNA標的創薬データベースの構築	JGAD000654	2022/12/26-2025/03/31
杉田静紀	名古屋大学医学部附属病院ゲノム医療センター	日本	全ゲノム解析による食道癌の周術期補助療法と早期再発に関する研究	JGAD000654	2023/03/30-2023/12/31