NBDC Research ID: hum0252.v3
研究内容の概要
目的： 成人T 細胞白血病（ATL）の遺伝子変異と遺伝子発現の解析を通じてATLのリスクバイオマーカーと発症メカニズムを明らかにする。Target capture sequencingを用いて成人T細胞白血病（ATL）の遺伝子変異とクローン構造を解析し、さらにRNA sequencingによって遺伝子変異の生物学的意義を検討する。
方法： Target capture sequencing、RNA sequencing（RNA-seq）、single cell RNA sequencing（scRNA-seq）、Whole genome sequencing（WGS）、scATAC-seq、ChIP-seq
対象： ATL6＋4＋6症例、及びHTLV-1感染者10症例の感染細胞分画及び非感染細胞分画、並びに健常者3＋1名のCD4+T細胞（Lonzaからの購入検体）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000301 | NGS（Target Capture、RNA-seq、scRNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2021/07/12 |
| JGAS000553 | NGS（Target Capture、WGS、scRNA-seq、scATAC-seq、ChIP-seq） | 制限公開（Type I） | 2023/12/06 |
| JGAS000553（データ追加） | NGS（Target Capture、scRNA-seq、scATAC-seq、ChIP-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/03/04 |
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分子データ
Target Capture（JGAS000301/JGAS000553）
| 対象 |
【JGAS000301/JGAD000412】 ATL（ICD10：C915）：6症例 （感染細胞分画：19検体、非感染細胞分画：7検体） HTLV-1感染者：10症例（2症例はATL発症後の検体を含む） （感染細胞分画：20検体、非感染細胞分画：10検体） 【JGAS000553/JGAD000674】 ATL（ICD10：C915）：4＋6症例（計30＋23検体） （正常細胞：4＋11検体、バレメトスタット投薬前の腫瘍細胞：4＋6検体、バレメトスタット投薬後の腫瘍細胞：22＋6検体） |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | ATLリスク50遺伝子を含む280遺伝子 |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500/3000、NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | ATL患者及びHTLV-1感染者末梢血の感染細胞分画及び非感染細胞分画ならびに正常細胞および腫瘍細胞から抽出したDNA（CD4+ T細胞、PBMC） |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Target Enrichment System |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
JGAD000412、JGAD000674：200 bp JGAD000674（追加）：100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| 総データ量 |
JGAD000412：585.8 GB（fastq） JGAD000674：3.7＋1.5 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ATL（ICD10：C915）：3症例（計9検体） （正常細胞：3検体、バレメトスタット投薬前の腫瘍細胞：3検体、バレメトスタット投薬後の腫瘍細胞：3検体） |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | MGI [DNBSEQ-G400] |
| ライブラリソース | ATL患者の正常細胞および腫瘍細胞から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | MGIEasy PCR-Free DNA Library Prep Set |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000674 |
| 総データ量 | 3.7 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ATL（ICD10：C915）：4症例 （感染細胞分画：6検体、非感染細胞分画：2検体） 健常者：3名（セルライン） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | ATL患者末梢血の感染細胞分画、及び、非感染細胞分画、並びに健常者のCD4+T細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | ヒト末梢血CD4+T細胞（Lonza Catalog #: 2W-200） |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext UltraTM RNA Library Prep Kit for Illumina |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠（化学反応[Mg2+、熱処理]） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000412 |
| 総データ量 | 585.8 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
scRNA-seq（JGAS000301/JGAS000553）
| 対象 |
【JGAS000301/JGAD000412】 ATL（ICD10：C915）：1症例（2点） （感染細胞分画：4検体、非感染細胞分画：2検体） 【JGAS000553/JGAD000674】 ATL（ICD10：C915）：3＋3症例（計10＋11検体） （末梢血リンパ球 バレメトスタット投薬前：3＋7検体、バレメトスタット投薬後：7＋4検体） |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500/3000、NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | ATL患者末梢血の感染細胞分画、非感染細胞分画のCD4+T細胞（シングルセル）および末梢血リンパ球から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Single Cell 3’ Reagent Kits v2、Chromium Single Cell 5′ Reagent Kits |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠（酵素反応） |
| ライブラリ構築方法 |
JGAD000412、JGAD000674：Paired-end JGAD000674（追加）：Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
JGAD000412、JGAD000674：124 bp JGAD000674（追加）：91-98 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| 総データ量 |
JGAD000412：585.8 GB（fastq） JGAD000674：3.7＋1.5 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ATL（ICD10：C915）：3＋3症例（計10＋11検体） （末梢血リンパ球 バレメトスタット投薬前：3＋7検体、バレメトスタット投薬後：7＋4検体） |
| 規模 | scATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | ATL患者のリンパ球から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium NextGEM Single Cell ATAC Reagent Kits v1.1 |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
JGAD000674：100 bp JGAD000674（追加）：50× 49 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000674 |
| 総データ量 | 3.7＋1.5 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ATL（ICD10：C915）：1＋2症例 健常者：1名（セルライン） |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NextSeq 500] |
| ライブラリソース |
ATL患者腫瘍細胞および健常者のCD4+T細胞より抽出したDNAについて免疫沈降（H3K27me3、H3K27ac）を実施 ・ATL患者腫瘍細胞 バレメトスタット投薬前：コントロール 1＋2検体、免疫沈降 2＋2検体 バレメトスタット投薬後：免疫沈降 2＋4検体 ・健常者：コントロール 1検体、免疫沈降 2検体 |
| 検体情報（購入の場合） | ヒト末梢血CD4+T細胞（Lonza Catalog #: 2W-200） |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Standard consecutive enzymatic steps of end-polishing, dA-addition, and adaptor ligation |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 75 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000674 |
| 総データ量 | 3.7＋1.5 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 山岸 誠
所 属 機 関： 東京大学大学院 新領域創成科学研究科
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進研究事業 | ゲノム情報を基盤としたHTLV-1感染症の病態形成機序の解明及び発症リスク予知アルゴリズム開発に関する総合的研究 | JP23fk0108672 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進研究事業 | HTLV-1関連疾患の発症リスク、進展メカニズムに関するオミックス統合解析と発症予防に資する基盤的研究 | JP22fk0108126 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 新興・再興感染症研究基盤創生事業 | HTLV-1 感染症のエピゲノムコードの解読と戦略的創薬を目指した基礎•臨床融合データサイエンス | JP23wm0325056 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 新興・再興感染症研究基盤創生事業 | レトロウイルス病原性と持続感染の根源となる不均一な潜伏集団を生み出す宿主エピゲノム特性の解明と治療薬開発 | JP22wm0325017 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | シングルセルゲノミクスを用いたNOTCH1変異クローンの特性解明及び新規治療法と層別化アルゴリズムの開発 | JP22ck0106703 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | アグレッシブ成人T細胞白血病リンパ腫を対象とした全国一元化レジストリ・バイオレポジトリ研究 | JP23ck0106860 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | ゲノム異常とエピゲノム異常によるATLの協奏的クローン進化メカニズムの解明 | JP21K08386 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Mechanisms of action and resistance in histone methylation-targeted therapy | doi: 10.1038/s41586-024-07103-x | JGAD000674 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 松岡 雅雄 | 熊本大学大学院生命科学研究部 | 日本 | 悪性リンパ腫、成人T細胞白血病・リンパ腫の遺伝・病理学的検討を用いた特性および経過・治療に関する後方視的観察研究 | JGAD000412 | 2022/05/16-2030/03/31 |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000412 | 2022/12/26-2025/03/31 |
