NBDC Research ID: hum0249.v1
研究内容の概要
目的： 硬組織・結合組織関連疾患患者由来iPS細胞を用いた疾患メカニズムの解明および治療法開発
方法： 疾患iPS細胞を用いたCap Analysis of Gene Expression（CAGE）-seq
対象： 鎖骨頭蓋骨異形成症
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000248 | NGS（CAGE-seq） | 制限公開（Type I） | 2020/09/01 |
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分子データ
| 対象 |
鎖骨頭蓋骨異形成症（ICD10：Q870）：3症例 頬粘膜線維芽細胞から樹立したiPS細胞から分化させた骨芽細胞：2症例（2検体） 頬粘膜線維芽細胞から樹立したiPS細胞に対して遺伝子編集により変異を正常化させたiPS細胞から分化させた骨芽細胞：1症例（1検体） |
| 規模 | CAGE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NextSeq 500] |
| ライブラリソース | iPS細胞から分化させた骨芽細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | nAnT-iCAGE プロトコル |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 47 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000348 |
| 総データ量 | 39 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 東 俊文
所 属 機 関： 東京歯科大学 生化学講座
プロジェクト/研究グループ名： 顎骨疾患プロジェクト
URL： http://www.tdc.ac.jp/college/activity/branding/tabid/659/Default.aspx
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 新概念に基づく骨芽細胞分化制御機構の解明と鎖骨頭蓋骨異形成症に対する治療薬の開発 | 19K10063 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 疾患iPS細胞を用いたGNAS-cAMP経路の骨芽細胞分化石灰化メカニズム解明 | 18H03007 |
| 東京歯科大学顎骨疾患プロジェクト研究助成 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | CAGE-seq analysis of osteoblast derived from cleidocranial dysplasia human induced pluripotent stem cells | doi: 10.1016/j.bone.2020.115582 | JGAD000348 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
