NBDC Research ID: hum0227.v1

 

研究内容の概要

目的: アジアにおける胃がんの素因となるライフスタイルと生殖細胞変異の同定

方法: 全エクソームシークエンス解析および全トランスクリプトームシークエンス解析

対象: 胃がん 102症例

URL: https://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/日本人の胃がんリスクとなる遺伝的背景と生活習/

 

データID内容制限公開日
JGAS000228 NGS(ExomeRNA-seq 制限公開(Type I) 2021/06/04

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分子データ

Exome

対象

胃がん(ICD10:C16):102症例

      腫瘍組織:102検体

      非腫瘍組織:102検体

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 手術摘出切片の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Agilent SureSelect Human All Exon Kit v4 and v5+ LincRNA
断片化の方法 超音波断片化(Covaris SS)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000320
総データ量 3 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

RNA-seq

対象

胃がん(ICD10:C161):81症例

      腫瘍組織:81検体

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 手術摘出切片の腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit
断片化の方法 上記キットに準拠
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000321
総データ量 3 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 油谷 浩幸

所 属 機 関: 東京大学先端科学技術研究センター

プロジェクト/研究グループ名: ゲノムサイエンス分野

URL: https://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/ja/research

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(S) 統合的ゲノム解析によるがん細胞集団進化の解明 24221011
科学研究費助成事業 基盤研究(A) がんと間質との相互依存性シグナルの包括的理解 16H02481
日本医療研究開発機構(AMED) 次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) ヒト上皮性腫瘍の発生・進展機構の解明と新規治療標的の同定 JP19cm0106502
日本医療研究開発機構(AMED) 次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) 液性免疫に焦点を当てた胃癌ゲノミクスの多様性解明と介入法探索 JP19cm0106551
日本医療研究開発機構(AMED) 革新的がん医療実用化研究事業 国際共同研究に資する大規模日本人がんゲノム・オミックス・臨床データ統合解析とゲノム医療推進に向けた知識基盤構築 JP20ck0106547

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Defined lifestyle and germline factors predispose Asian populations to gastric cancer doi: 10.1126/sciadv.aav9778

JGAD000320

JGAD000321

JGAD000322

JGAD000323

2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
河野 隆志 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 AYA (Adolescence and Young Adult) 世代がんの個別化予防に資する遺伝要因の同定を目指す研究 JGAD000320, JGAD000321 2021/11/29-2025/03/31
浜田 道昭 早稲田大学 理工学術院 日本 RNA標的創薬データベースの構築 JGAD000321 2022/12/26-2025/03/31
牛久 哲男 東京大学大学院医学系研究科 人体病理学・病理診断学分野 日本 上部消化管腫瘍のゲノム・遺伝子解析とその臨床病理学的意義の解明 JGAD000320, JGAD000321 2023/03/18-2028/03/31