NBDC Research ID: hum0136.v3
研究内容の概要
目的： B型肝炎ワクチンの効果に関連する宿主遺伝因子の同定
方法： ゲノムワイド関連解析
対象： 日本人B型肝炎ワクチン（ビームゲン）接種者1,193例、日本人B型肝炎ワクチン（ヘプタバックス）接種者555例
URL： http://www.ncgmkohnodai.go.jp/genome/genome_ds/index.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| hum0136.v1.gwas.v1 | 日本人B型肝炎ワクチン（ビームゲン）接種者1,193名のGWAS統計情報 | 非制限公開 | 2018/05/22 |
| hum0136.v2.hep-gwas.v1 | 日本人B型肝炎ワクチン（ヘプタバックス）接種者555名のGWAS統計情報 | 非制限公開 | 2021/03/05 |
| JGAS000341 | 日本人B型肝炎ワクチン（ビームゲン）接種者1,193名の個人毎のGenotypingデータ | 制限公開（Type I） | 2021/10/01 |
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分子データ
hum0136.v1.gwas.v1 / JGAS000341
| 対象 |
日本人B型肝炎ワクチン（ビームゲン）接種者（Total：1,193名） ・ワクチン低反応群（107名、HBsAb 10mIU/mL以下） ・ワクチン中反応群（351名、HBsAb 10mIU/mL超、100 mIU/mL以下） ・ワクチン高反応群（735名、HBsAb 100mIU/mL超） 日本人B型肝炎ワクチン（ビームゲン）接種者（30歳未満：864名） ・ワクチン低反応群（56名、HBsAb 10mIU/mL以下） ・ワクチン中反応群（226名、HBsAb 10mIU/mL超、100 mIU/mL以下） ・ワクチン高反応群（582名、HBsAb 100mIU/mL超） |
| 規模 | genome wide SNPs |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Affymetrix [Axiom Genome-Wide ASI 1 Array] |
| ソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Affymetrix AXIOM 2.0 Reagent Kit |
| 遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） | GenCall software（Genotyping Console ver. 4.2.0.26） |
| フィルタリング |
overall call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、 HWE P < 0.001、MAF < 0.05、Regression P < 0.05 |
| マーカー数（QC後） |
① 低反応群：0、中反応群：1、高反応群：2、とした回帰分析（年齢・性別で補正） ➡ 22,044 SNPs（hg19）[Figure 2] ② 30歳未満のみを対象とした、低反応群：0、中反応群：1、高反応群：2、とした回帰分析（年齢・性別で補正） ➡ 21,580 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 4] ③ 低反応群：0、高反応群：1、とした回帰分析（年齢・性別で補正） ➡ 23,765 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 5] |
| NBDC Dataset ID |
（データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000452 |
| 総データ量 |
hum0136.v1.gwas.v1：7.3 MB JGAD000452：34.4 GB（CEL） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
日本人B型肝炎ワクチン（ヘプタバックス）接種者（Total：555名） ・ワクチン低反応群（66名、HBsAb 10mIU/mL以下） ・ワクチン中反応群（184名、HBsAb 10mIU/mL超、100 mIU/mL以下） ・ワクチン高反応群（305名、HBsAb 100mIU/mL超） |
| 規模 | genome wide SNPs |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Affymetrix [Axiom Genome-Wide ASI 1 Array] |
| ソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Affymetrix AXIOM 2.0 Reagent Kit |
| 遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） | GenCall software（Genotyping Console ver. 4.2.0.26） |
| フィルタリング |
overall call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、 HWE P < 0.001、MAF < 0.05、Regression P < 0.05 |
| マーカー数（QC後） |
① 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群（n=66）とワクチン反応群（n=489）を比較したGWAS結果（Imputation後） ➡ 279,671 SNPs（hg19）[Figure1a] ② 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群（n=66）とワクチン高反応群（n=305）を比較したGWAS結果（Imputation後） ➡ 292,028 SNPs（hg19）[Figure1b] ③ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群（n=66）とワクチン反応群（n=489）を比較したGWAS結果（Imputation前） ➡ 22,770 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 1a] ④ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群（n=66）とワクチン高反応群（n=305）を比較したGWAS結果（Imputation前） ➡ 23,717 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 1b] ⑤ 日本人ヘプタバックス接種者およびビームゲン接種者におけるワクチン低反応群（n=66+107）とワクチン反応群（n=489+1086）を比較したGWAS結果（Imputation後） ➡ 310,312 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 2a] ⑥ 日本人ヘプタバックス接種者およびビームゲン接種者におけるワクチン低反応群（n=66+107）とワクチン反応群（n=305+735）を比較したGWAS結果（Imputation後） ➡ 317,176 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 2b] ⑦ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群（n=66）と日本人ビームゲン接種者におけるワクチン低反応群（n=107）を比較したGWAS結果（Imputation後） ➡ 285,687 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 3a] ⑧ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン中反応群（n=184）と日本人ビームゲン接種者におけるワクチン中反応群（n=351）を比較したGWAS結果（Imputation後） ➡ 312,192 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 3b] ⑨ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン高反応群（n=305）と日本人ビームゲン接種者におけるワクチン高反応群（n=735）を比較したGWAS結果（Imputation後） ➡ 321,074 SNPs（hg19）[Supplementary Figure 3c] |
| NBDC Dataset ID |
（データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください） |
| 総データ量 | 500 MB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 溝上 雅史
所 属 機 関： 国立国際医療研究センター
プロジェクト/研究グループ名： ゲノム医科学プロジェクト
URL： http://www.ncgmkohnodai.go.jp/genome/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED）臨床ゲノム情報統合データベース整備事業 | B型肝炎に関する統合的臨床ゲノムデータベースの構築を目指す研究 | JP16kk0205007 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）肝炎等克服緊急対策研究事業 | ゲノム網羅的解析によるB型肝炎ウイルス感染の病態関連遺伝子の同定と新規診断法の開発 | JP16fk021010 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）B型肝炎創薬実用化等研究事業 | B型肝炎ウイルス排除、慢性化および肝発がんの機序解明を目指す研究 | JP17fk0310115 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | B型慢性肝炎とHLA class II遺伝子との関連の包括的理解を目指す研究 | 16K09387 |
| 日本医療研究開発機構（AMED）肝炎等克服緊急対策研究事業 | B型肝炎ウイルスおよびヒトゲノムの解析に基づくクリニカルシークエンスに向けた研究 | JP20fk0210056 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Key HLA‐DRB1‐DQB1 haplotypes and role of the BTNL2 gene for response to a hepatitis B vaccine | doi: 10.1002/hep.29876 | hum0136.v1.gwas.v1 |
| 2 | Importance of HBsAg recognition by HLA molecules as revealed by responsiveness to different hepatitis B vaccines | doi: 10.1038/s41598-021-82986-8 | hum0136.v2.hep-gwas.v1 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 宮川 卓 | 東京都医学総合研究所 睡眠プロジェクト | 日本 | 過眠を呈する睡眠障害（各種過眠症・概日リズム睡眠障害・睡眠時無呼吸症候群・睡眠関連運動障害・睡眠時随伴症など）の病態に関与する遺伝子の探索とその機能及び末梢血リンパ球の自己抗原特異的増殖反応の研究 | JGAD000452 | 2023/07/20-2027/03/31 |
