NBDC Research ID: hum0132.v1

 

研究内容の概要

目的: ベトナム戦争中にダイオキシンに暴露した兵士の子供に知的障害が見られることがある。知的障害の原因遺伝子を探索すること、および、ダイオキシンが突然変異に与える影響の検出を目的としている。

方法: Illumina社のHiseq2500を用いた全ゲノムシークエンス

対象: ダイオキシン暴露者(退役軍人)とその妻と子の9トリオ(計27名)

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000137 NGS(WGS) 制限公開(Type I) 2018/09/07

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分子データ

JGAS00000000137

対象 ダイオキシン暴露者(退役軍人)とその妻と知的障害を持つ子の9トリオ(計27名)
規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 末梢血より抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq Nano DNA Library Preparation Kit
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 101 bp もしくは 93 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000206
総データ量 1 TB(fastq)
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提供者情報

研究代表者: 中川 英刀

所 属 機 関: 理化学研究所・統合生命医科学研究センター・ゲノムシーケンス解析チーム

プロジェクト/研究グループ名: ベトナム人トリオゲノムプロジェクト

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
Scientific Program KHCN-33/11-15, the Ministry of Natural Resources and Environment (Vietnam) 血中ダイオキシンレベルが上昇しているベトナム人における遺伝子変異の同定 Grant KHCN-33.06/11-15
the Ministry of Science and Technology (Vietnam) 血中ダイオキシンレベルが上昇しているベトナム人における遺伝子変異の同定 Grant DTDL.CN-05/15

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Whole genome sequencing and mutation rate analysis of trios with paternal dioxin exposure. doi: 10.1002/humu.23585 JGAD00000000206
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間