NBDC Research ID: hum0112.v1

 

研究内容の概要

目的: 受精卵よりヒト胎盤幹細胞株を樹立し、その細胞特性に関する基礎的な研究を行う。

方法: Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS)、ChIP-seq、RNA-seq、miRNA-seq

対象: ヒト胎盤幹細胞2系統

URL: http://ihec-epigenomes.org/(マッピング済のデータが間もなくIHEC Data Portalより利用可能となります)

 

データID内容制限公開日

JGAS00000000112

(JGA00000000122)

NGS(WGBS)

NGS(ChIP-seq)

NGS(RNA-seq)

NGS(miRNA-seq)

制限公開(Type I) 2017/12/14

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分子データ

NGS(WGBS)

対象 ヒト胎盤幹細胞:3サンプル(系統:1、培養条件:3)
規模 WGBS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 1500]
ライブラリソース ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Post-Bisulfite Adaptor-Tagging(PBAT)法
断片化の方法 PBAT法
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 101 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000121
総データ量 315 GB
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

NGS(ChIP-seq)

対象 ヒト胎盤幹細胞:18サンプル(系統:1、培養条件:3、抗体:6種 [抗H3K4me3, H3K4me1, H3K9me3, H3K27ac, H3K27me3, H3K36me3抗体])+1ネガティブコントロール
規模 ChIP-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Ovation Ultralow System V2 kit (NuGEN)
断片化の方法 超音波断片化(Covaris社、M220)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 126 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD000000000121
総データ量 315 GB
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

NGS(RNA-seq)

対象 ヒト胎盤幹細胞:6サンプル(系統:2、培養条件:3)
規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース ヒト胎盤幹細胞より抽出したmRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit (Illumina)
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 101 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000121
総データ量 315 GB
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

NGS(miRNA-seq)

対象 ヒト胎盤幹細胞:3サンプル(系統:1、培養条件:3)
規模 miRNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 1500]
ライブラリソース ヒト胎盤幹細胞より抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext Small RNA Library Prep Set for Illumina (New England Biolabs)
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 64 or 68 bp(アダプター込み)
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000121
総データ量 315 GB
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 有馬 隆博

所 属 機 関: 東北大学大学院医学系研究科 環境遺伝医学総合研究センター 情報遺伝学分野

プロジェクト/研究グループ名:革新的先端研究開発支援事業(AMED-CREST) 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム(IHEC)佐々木チーム

URL: http://crest-ihec.jp/http://ihec-epigenomes.net/

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
国立研究開発法人日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業(AMED-CREST) 「エピゲノム研究に基づく診断・治療へ向けた新技術の創出」領域

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Derivation of Human Trophoblast Stem Cells doi: 10.1016/j.stem.2017.11.004 JGAD00000000121
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
Nehemiah Alvarez De Novo Genomics Corporation JGAD00000000121 2018/01/15-2018/12/31
R. Michael Roberts University of Missouri, Animal Sciences / Biochemistry JGAD00000000121 2018/03/02-2019/02/15