NBDC Research ID: hum0103.v1

 

研究内容の概要

目的: 日本人の胆道がんにおけるゲノム変異を探索する

方法: 胆道がん切除切片における非腫瘍組織(正常組織)および腫瘍組織より抽出したDNAを使用したNGSライブラリーを作成後、Illunmina HiSeq 2500にて塩基配列を決定する。

対象: 胆道がん患者の正常組織および腫瘍組織のDNA

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000109

NGS(WGS)

NGS(Exome)

制限公開データ(Type I) 2018/02/27

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分子データ

NGS(WGS)

対象

胆道がん(ICD10:C22, 23, 24):39 症例

  腫瘍組織:39 検体

  非腫瘍組織:39 検体

規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 胆道がん切除切片における正常組織および腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq DNA Sample Prep kit
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 125 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000117EGAS00001000678 [EGAD00001000809]に含まれる)
総データ量 4 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

NGS(Exome)

対象

胆道がん:108 症例

  腫瘍組織:108 検体

  非腫瘍組織:108 検体

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 胆道がん切除切片における正常組織および腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

Illumina Nextera Rapid Capture kit、もしくは

Agilent SureSelect Exome V5 kit

断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 125 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000118
総データ量 4 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 中川 英刀

所 属 機 関: 理化学研究所 統合生命医科学研究センター

プロジェクト/研究グループ名:-

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
-

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Genomic characterization of biliary tract cancers identifies their driver genes and predisposing mutations. doi: 10.1016/j.jhep.2018.01.009

JGAD00000000117

JGAD00000000118

2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
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