NBDC Research ID: hum0088.v1

 

研究内容の概要

目的: transforming growth factor (TGF)-βスーパーファミリーのサブファミリーの1つであるbone morphogenetic protein(BMP)がグリオーマ幹細胞に与える影響と、BMPによるグリオーマ幹細胞の制御メカニズムを明らかにする。

方法: BMPの標的遺伝子を同定するため、神経膠芽腫(glioblastoma)由来細胞株より抽出したDNAを用いたwhole genome sequencing(WGS)およびRNAを用いたRNA-seq解析を実施。

対象: 神経膠芽腫由来細胞株 2株

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000077 NGS(RNA-seq) 制限公開(Type I) 2019/02/08
JGAS00000000096 NGS(WGS) 制限公開(Type I) 2019/02/08

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分子データ

JGAS00000000077

対象 神経膠芽腫(ICD10:C71.9):2症例(TGS-01、TGS-04)
規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform

Illumina [Genome Analyzer IIx]

Thermo Fisher Scientific [Ion Proton]

ライブラリソース RNA抽出24時間前にBMP-4で刺激した神経膠芽腫から樹立したグリオーマ幹細胞株より抽出したmRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

ScriptSeq v2 RNA-seq Library Preparation Kit(Epicentre)

Ion Total RNA-seq Kit v2 (Thermo Fisher Scientific)

断片化の方法

Genome Analyzer IIx:酵素反応

Ion Proton:酵素反応(RNase III)

ライブラリ構築方法

Genome Analyzer IIx:Paired-end

Ion Proton:Single-end

リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー)

Genome Analyzer IIx:76 bp

Ion Proton:200 bp

Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000077
総データ量 43 GB(fastq)
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JGAS00000000096

対象 神経膠芽腫(C71.9):1症例(TGS-01)
規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Thermo Fisher Scientific [Ion Proton]
ライブラリソース 神経膠芽腫から樹立したグリオーマ幹細胞株より抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

Ion Fragment plus library Kit

Ion PI Template OT2 200 Kit v3

Ion PI Sequencing 200 Kit v3

(Thermo Fisher Scientific)

断片化の方法 超音波断片化(Bioruptor UCD-200)
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 200 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000096
総データ量 13 GB(fastq)
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提供者情報

研究代表者: 宮園 浩平

所 属 機 関: 東京大学大学院 医学系研究科 分子病理学分野

プロジェクト/研究グループ名: -

URL: http://beta-lab.umin.ac.jp/

科研費/助成金(Research Project Number): 

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 新学術領域研究 TGF-βファミリーのがん微小環境に及ぼす作用とがん治療戦略 22112002
科学研究費助成事業 基盤研究(B) 未分化性維持におけるBMPシグナルの役割 24390070
科学研究費助成事業 基盤研究(S) TGF-βシグナルによる転写調節とがん悪性化機構 15H05774
日本学術振興会 先端研究拠点事業 国際戦略型 TGF-βファミリーシグナル国際共同研究拠点 -

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Bone morphogenetic protein signaling mediated by ALK-2 and DLX2 regulates apoptosis in glioma-initiating cells. doi: 10.1038/onc.2017.112 JGAD00000000077
2 Identification of a novel fusion gene HMGA2-EGFR in glioblastoma. doi: 10.1002/ijc.31179

JGAD00000000096

JGAD00000000077

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間