NBDC Research ID: hum0075.v2

 

研究内容の概要

目的: B型肝炎ウイルス感染の病態別における宿主遺伝因子の探索

方法: 対象1〜3について、Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0を使用して約90万個の一塩基多型(Single Nucleotide Polymorphisms:SNPs)の遺伝子型を決定後ゲノムワイド関連解析(Genome-Wide Association Study:GWAS)を実施

対象4について、Affymetrix Axiom Genome-Wide ASI 1 Arrayを使用して約60万個のSNPsの遺伝子型を決定後GWASを実施

対象: 1. B型肝炎ウイルスキャリア 181症例、および、健常対照者 184名

    2. B型肝炎ウイルスキャリア 181症例、および、B型肝炎ウイルス排除群 185症例

    3. B型肝炎ウイルス排除群 185症例、および、健常対照者 184名

    4. B型肝炎ウイルス陽性肝がん 473症例、および、B型肝炎ウイルスキャリア群(慢性肝炎および無症候キャリア) 516症例

 

データID内容制限公開日
hum0075.v1.gwas.v1

B型肝炎ウイルスキャリア 181症例、および、

健常対照者 184名のGWAS

非制限公開 2017/09/25
hum0075.v1.virus.v1

B型肝炎ウイルスキャリア 181症例、および、

B型肝炎ウイルス排除群 185症例のGWAS

非制限公開 2017/09/25
hum0075.v1.clear.v1

B型肝炎ウイルス排除群 185症例、および、

健常対照者 184名のGWAS

非制限公開 2017/09/25
hum0075.v2.hcc.v1

B型ウイルス陽性肝がん 473症例、および、

B型肝炎ウイルスキャリア群 516症例のGWAS

非制限公開 2019/02/19

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分子データ

hum0075.v1.gwas.v1

対象

B型肝炎ウイルスキャリア:181症例

健常対照者:184名

規模 genome wide SNPs
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0
ソース 末梢血から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Affymetrix Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 6.0
遺伝子型決定アルゴリズム(ソフトウェア) Genotyping Console v4.1 software(Birdseed v1)
フィルタリング

Sample call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、HWE P < 0.001

Pearson's chi-square test P < 1.0x10^-4

マーカー数(QC後) 104 autosomal SNPs(NCBI Build 36.3)
NBDC Data Set ID

hum0075.v1.gwas.v1

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Dictionary file

総データ量 14 KB (csv)
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hum0075.v1.virus.v1

対象

B型肝炎ウイルスキャリア:181症例

B型肝炎ウイルス排除群:185症例

規模 genome wide SNPs
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0
ソース 末梢血から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Affymetrix Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 6.0
遺伝子型決定アルゴリズム(ソフトウェア) Genotyping Console v4.1 software(Birdseed v1)
フィルタリング

Sample call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、HWE P < 0.001

Pearson's chi-square test P < 1.0x10^-4

マーカー数(QC後) 88 autosomal SNPs (NCBI Build 36.3)
NBDC Data Set ID

hum0075.v1.virus.v1

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総データ量 12 KB(csv)
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hum0075.v1.clear.v1

対象

B型肝炎ウイルス排除群:185症例

健常対照者:184名

規模 genome wide SNPs
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0
ソース 末梢血から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Affymetrix Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 6.0
遺伝子型決定アルゴリズム(ソフトウェア) Genotyping Console v4.1 software(Birdseed v1)
フィルタリング

Sample call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、HWE P < 0.001

Pearson's chi-square test without P < 1.0x10^-4

マーカー数(QC後) 90 autosomal SNPs (NCBI Build 36.3)
NBDC Data Set ID

hum0075.v1.clear.v1

(データのダウンロードは上記Data Set IDをクリックしてください)

Dictionary file

総データ量 12 KB(csv)
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hum0075.v2.hcc.v1

対象

B型肝炎ウイルス陽性肝がん(ICD10:B181):473症例

B型肝炎ウイルキャリア群(慢性肝炎および無症候キャリア):516症例

規模 genome wide SNPs
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Affymetrix Axiom Genome-Wide ASI 1 Array
ソース 末梢血から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Axiom 2.0 Reagent Kit
遺伝子型決定アルゴリズム(ソフトウェア) Genotyping Console v4.2.0.26 software
フィルタリング

Sample call rate < 0.97、SNP call rate < 0.95、MAF < 0.03、HWE P < 0.001

Pearson's chi-square test without P < 0.05

マーカー数(QC後) 24,123 autosomal SNPs
NBDC Data Set ID

hum0075.v2.hcc.v1

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総データ量 5.6 MB(xlsx)
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提供者情報

研究代表者: 溝上 雅史

所 属 機 関: 国立国際医療研究センター 肝炎免疫研究センター 肝疾患研究部

プロジェクト/研究グループ名: ゲノム医科学プロジェクト

URL: http://www.ncgmkohnodai.go.jp/kanen_meneki/index.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
厚生労働科学研究費補助金 ウイルス性肝炎に対する応答性を規定する宿主因子も含めた情報のデータベース構築・治療応用に関する研究 H22-kanen-005
厚生労働科学研究費補助金 B型肝炎ウイルス感染の病態別における宿主因子等について、網羅的な遺伝子解析を用い、新規診断法及び治療法の開発を行う研究 H23-kanen-005
厚生労働科学研究費補助金 ゲノム網羅的解析によるB型肝炎ウイルス感染の病態関連遺伝子の同定と新規診断法の開発 H26-kanen-004
厚生労働科学研究費補助金 B型肝炎の慢性化・ウイルス排除に関連する遺伝要因について、HLAアリルおよび免疫関連遺伝子群を網羅的に探索する研究 H25-kanen-012
科学研究費助成事業 若手研究(B) B型肝炎の慢性化に関連する遺伝要因の探索 25870178
宮川庚子記念研究財団平成26年度研究助成 B型肝炎の慢性化および癌化に関連する遺伝要因の網羅的探索 -

 

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タイトルDOIデータID
1 Genome-Wide Association Study Confirming Association of HLA-DP with Protection against Chronic Hepatitis B and Viral Clearance in Japanese and Korean doi: 10.1371/journal.pone.0039175

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hum0075.v1.virus.v1

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2 Genome-wide association study identified new susceptible genetic variants in HLA class I region for hepatitis B virus-related hepatocellular carcinoma doi: 10.1038/s41598-018-26217-7 hum0075.v2.hcc.v1