NBDC Research ID: hum0075.v1

 

研究内容の概要

目的: B型肝炎ウイルス感染の病態別における宿主遺伝因子の探索

方法: Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0を使用して約90万個の一塩基多型(Single Nucleotide Polymorphisms:SNPs)の遺伝子型を決定後ゲノムワイド関連解析(Genome-Wide Association Study:GWAS)を実施

対象: 1. B型肝炎ウイルスキャリア 181症例、および、健常対照者 184名

    2. B型肝炎ウイルスキャリア 181症例、および、B型肝炎ウイルス排除群 185症例

    3. B型肝炎ウイルス排除群 185症例、および、健常対照者 184名

 

データID内容制限公開日
hum0075.v1.gwas.v1

B型肝炎ウイルスキャリア 181症例、および、

健常対照者 184名のGWAS

非制限公開 2017/09/25
hum0075.v1.virus.v1

B型肝炎ウイルスキャリア 181症例、および、

B型肝炎ウイルス排除群 185症例のGWAS

非制限公開 2017/09/25
hum0075.v1.clear.v1

B型肝炎ウイルス排除群 185症例、および、

健常対照者 184名のGWAS

非制限公開 2017/09/25

※リリース情報はこちら

 

分子データ

hum0075.v1.gwas.v1

対象

B型肝炎ウイルスキャリア:181症例

健常対照者:184名

規模 genome wide SNPs
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0
ソース 末梢血から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Affymetrix Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 6.0
遺伝子型決定アルゴリズム(ソフトウェア) Genotyping Console v4.1 software(Birdseed v1)
フィルタリング

Sample call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、HWE P < 0.001

Pearson's chi-square test P < 1.0x10^-4

マーカー数(QC後) 104 autosomal SNPs(NCBI Build 36.3)
NBDC Data Set ID

hum0075.v1.gwas.v1

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hum0075.v1.virus.v1

対象

B型肝炎ウイルスキャリア:181症例

B型肝炎ウイルス排除群:185症例

規模 genome wide SNPs
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0
ソース 末梢血から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Affymetrix Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 6.0
遺伝子型決定アルゴリズム(ソフトウェア) Genotyping Console v4.1 software(Birdseed v1)
フィルタリング

Sample call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、HWE P < 0.001

Pearson's chi-square test P < 1.0x10^-4

マーカー数(QC後) 88 autosomal SNPs (NCBI Build 36.3)
NBDC Data Set ID

hum0075.v1.virus.v1

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Dictionary file

総データ量 12 KB(csv file)
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hum0075.v1.clear.v1

対象

B型肝炎ウイルス排除群:185症例

健常対照者:184名

規模 genome wide SNPs
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0
ソース 末梢血から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Affymetrix Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 6.0
遺伝子型決定アルゴリズム(ソフトウェア) Genotyping Console v4.1 software(Birdseed v1)
フィルタリング

Sample call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、HWE P < 0.001

Pearson's chi-square test without P < 1.0x10^-4

マーカー数(QC後) 90 autosomal SNPs (NCBI Build 36.3)
NBDC Data Set ID

hum0075.v1.clear.v1

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Dictionary file

総データ量 12 KB(csv file)
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提供者情報

研究代表者: 溝上 雅史

所 属 機 関: 国立国際医療研究センター 肝炎免疫研究センター

プロジェクト/研究グループ名: 肝疾患研究部

URL: http://www.ncgmkohnodai.go.jp/kanen_meneki/index.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
厚生労働科学研究費補助金 ウイルス性肝炎に対する応答性を規定する宿主因子も含めた情報のデータベース構築・治療応用に関する研究 H22-kanen-005
厚生労働科学研究費補助金 B型肝炎ウイルス感染の病態別における宿主因子等について、網羅的な遺伝子解析を用い、新規診断法及び治療法の開発を行う研究 H23-kanen-005

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Genome-Wide Association Study Confirming Association of HLA-DP with Protection against Chronic Hepatitis B and Viral Clearance in Japanese and Korean doi: 10.1371/journal.pone.0039175

hum0075.v1.gwas.v1

hum0075.v1.virus.v1

hum0075.v1.clear.v1

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