NBDC Research ID: hum0065.v1

 

研究内容の概要

目的: 大腸がん、肺がん、子宮頸部小細胞がんについて、患者間の多様性をカバーするCTOS(cancer tissue-originated spheroid)パネルを構築し、CTOSの調製、培養、細胞株化、移植、継代における質的変化を病理学的、生化学的、分子生物学的に検証する。

方法: Illumina HiSeq 2000を使用したExome解析

対象: 大腸がん、肺がん、子宮頚部小細胞がん

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000089 NGS(Exome) 制限公開(Type I) 2018/04/06

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分子データ

JGAS00000000089

対象

大腸がん:8症例、肺がん:2症例、子宮頚部小細胞がん:2症例

 1. 血球細胞:12検体(大腸がん 8検体、肺がん 2検体、子宮頸部小細胞がん 2検体)

 2. CTOS(初代):患者さんの腫瘍組織から調整したCTOS:5検体(大腸がん2検体、肺がん2検体、子宮頸部小細胞がん1検体)

 3. CTOS(継代):

  a. 2. のCTOS をマウスに移植して得られた腫瘍組織から調整したCTOS:14検体

   1代:1検体(大腸がん1検体)

   2代:4検体(子宮頸部小細胞がん1検体、大腸がん3検体)

   3代:5検体(大腸がん3検体、肺がん2検体)

   5代:4検体(大腸がん2検体、肺がん2検体)

  b. 2. のCTOSをin vitroで培養した細胞から調整したCTOS:3検体(肺がん2検体、大腸がん1検体)

   2代:1検体(肺がん1検体)

   5代:2検体(肺がん1検体、大腸がん1検体)

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [Hiseq 2000]
ライブラリソース 血球細胞およびCTOSから抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect Human All Exon V5 + lincRNA
断片化の方法 超音波断片化(Covaris社、 E220)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000089
総データ量

1 TB

 Data ファイル数:68(fastq)

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提供者情報

研究代表者: 井上 正宏

所 属 機 関: 大阪国際がんセンター 生化学部

URL: http://www.mc.pref.osaka.jp/en/department/biochem/

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム (文部科学省、AMED) 患者腫瘍移植モデルとex vivo培養間のシャトルシステムによる革新的な臨床効果評価技術の開発 15cm0106155h0002

 

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