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NBDC Research ID: hum0019.v1

 

研究内容の概要

目的: 消化器癌の発生・進展に重要な役割を果たす長鎖ncRNAの同定

方法: Illumina HiSeq 2500を使用したRNA-seq解析

対象: 消化器癌17症例(癌部・非癌部、計32検体)

URL: http://web.sapmed.ac.jp/biochem2/

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000011 NGS(RNA-seq) 制限公開(Type I) 2015/04/01

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分子データ

JGAS00000000011

対象 消化器癌患者:17症例
規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 消化器癌切片から癌部と非癌部を取り分け、polyA RNAを抽出
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Agilent SureSelect XT RNA Target Enrichment for Illumina Multiplexed Sequencing
断片化の方法 上記kit中のRNA Seq Fragmentation Mix
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp x 2
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000011
総データ量

104 GB(fastq [1,193,969.914 reads / 338 files])

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NBDC policy

※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究(研究領域提案型)『生命科学系3分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」(「ゲノム支援」)による支援を受けました。

 

提供者情報

研究代表者: 篠村恭久

所 属 機 関: 札幌医科大学  消化器・免疫・リウマチ内科学講座

プロジェクト/研究グループ名: 札幌医科大学・分子生物学講座との共同研究

URL: http://web.sapmed.ac.jp/biochem2/

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
若手研究(A) 大腸癌の発癌や進展に深く関与しうる長鎖ncRNAの量的・質的な異常の探索 24680092

 

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タイトルDOIデータID
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制限公開データの利用者一覧

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