NBDC Research ID: hum0017.v1
研究内容の概要
目的: 中枢神経原発悪性リンパ腫(primary central nervous system lymphoma: PCNSL)は原因不明な脳内リンパ腫であり、有効な治療に乏しい。全エクソン配列解析を行うことでタンパクコード遺伝子の体細胞変異を発見し、PCNSLのがん化機構の解明を目指す。
方法: 脳外科手術によって摘出されたPCNSL試料と、同一患者より得られた末梢血単核球(計41ペア)よりゲノムDNAおよびRNAを抽出し、Exome解析、RNA-seq解析を行った。
対象: PCNSL患者:41症例
URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html
データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
---|---|---|---|
JGAS000021 | NGS(Exome および RNA-seq) | 制限公開(Type I) | 2016/02/22 |
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分子データ
対象 | PCNSL患者:41症例 |
規模 | Exome |
対象領域(Target Captureの場合) |
- |
Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
ライブラリソース |
脳外科手術によって摘出されたPCNSL試料 同一患者より得られた末梢血単核球の 計41ペアから抽出したゲノムDNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) |
SureSelect ver. 5(Agilent社) NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina (New England Biolab) |
断片化の方法 | 超音波断片化(Covaris社、LE220) |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 100-105 bp |
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000021 |
総データ量 | 1.65 TB(bam [ref: hg19]) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
対象 | PCNSL患者:30症例 |
規模 | RNA-seq |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
ライブラリソース | 脳外科手術によって摘出されたPCNSL試料から抽出したRNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina(New England BioLabs) |
断片化の方法 | 上記kit中のRNA Seq Fragmentation Mix |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 100 bp |
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000021 |
総データ量 | 350 GB(fastq) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者: 間野 博行
所 属 機 関: 国立がん研究センター研究所 細胞情報学分野
プロジェクト/研究グループ名: PCNSL Genomic Analysis
URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html
科研費/助成金(Research Project Number):
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
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日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業インキュベートタイプ(AMED-LEAP) | がん治療標的探索プロジェクト | - |
関連論文
タイトル | DOI | データID | |
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1 | Genomic characterization of primary central nervous system lymphoma | doi: 10.1007/s00401-016-1536-2 | JGAD000021 |
2 |
制限公開データの利用者一覧
研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
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Li WEI | National Key Laboratory of Birth Defects and Reproductive Health, Chongqing Institute of Population and Family Planning | JGAD000021 | 2016/11/25-2020/10/05 |
Mosquera Orgueira, Adrian | Institute for Research in Health at Santiago de Compostela (IDIS) | JGAD000021 | 2017/04/04-2019/03/06 |
Margaret A. Shipp | Dana-Farber Cancer Institute | JGAD000021 | 2017/11/29-2019/12/31 |
服部 圭一郎 | 筑波大学 血液内科 | JGAD000021 | 2019/02/22-2021/12/19 |
小川 誠司 | 京都大学大学院医学研究科 腫瘍生物学講座 | JGAD000021 | 2020/01/09-2024/03/31 |