NBDC Research ID: hum0006.v4

 

研究内容の概要

目的: 脳腫瘍のゲノム・遺伝子解析とその臨床病理学的意義の解明

方法: Illumina HiSeq 2000を使用したExome解析、RNA-seq解析、および、メチレーションアレイ解析

対象: アストロサイトーマ6症例の初発時の腫瘍組織、再発時の腫瘍組織、および、末梢血(非腫瘍組織)、

    オリゴデンドログリオーマ12症例の初発時の腫瘍組織、再発時の腫瘍組織、および、末梢血(非腫瘍組織)、

    オリゴデンドログリオーマ4症例の初発時の2カ所の別の部位の腫瘍組織、および、末梢血(非腫瘍組織)、

    グリオーマ(小脳17症例、視床14症例、大脳8症例)の腫瘍組織、および、末梢血(非腫瘍組織)、

    グリオーマ94症例の腫瘍組織(初発時、再発時ペアを含む114検体)、および末梢血(非腫瘍組織)。

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000004

アストロサイトーマ

NGS(Exome

制限公開(Type I) 2014/01/31
JGAS00000000004 データ追加

オリゴデンドログリオーマ

NGS(ExomeRNA-seq)、Methylation array

制限公開(Type I) 2017/06/05
JGAS00000000106

グリオーマ(小脳・視床・大脳)

NGS(ExomeRNA-seq)、Methylation array

制限公開(Type I) 2017/09/01
JGAS00000000146

グリオーマ

NGS(ExomeRNA-seq)、Methylation array

制限公開(Type I) 2019/02/13

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分子データ

Exome

対象

脳腫瘍:

アストロサイトーマ(ICD10:C71):6症例(23検体)

オリゴデンドログリオーマ(ICD10:C71):16症例(48検体)

小脳グリオーマ(ICD10:C71):17症例 (34検体)

グリオーマ(ICD10:C71):12症例(腫瘍組織:25検体、非腫瘍組織:12検体)

                                                  初発時と再発時のペア:11症例、初発時のみ1症例

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース 初発時・再発時の腫瘍組織(または同じ腫瘍の別の部位の腫瘍組織)および末梢血(非腫瘍組織)から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Agilent SureSelect Human All Exon v.4
断片化の方法 超音波断片化(Covaris SS)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID

JGAD00000000004(アストロサイトーマ)

JGAD00000000106(オリゴデンドログリオーマ)

JGAD00000000112(小脳グリオーマ)

JGAD00000000215(初発時グレードII/IIIグリオーマとその再発時腫瘍36検体、ペア正常血液 16検体)

JGAD00000000218(初発時グレードIVグリオーマとその再発時腫瘍16検体、ペア正常血液8検体)

総データ量 1070 GB(fastq、bam [ref: hg19])
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy および P-DIRECT policy

 

RNA-seq

対象

オリゴデンドログリオーマ(ICD10:C71):16症例(27検体)

小脳グリオーマ(ICD10:C71):14症例(14検体)

大脳グリオーマ(ICD10:C71):8症例(8検体)

グリオーマ(ICD10:C71):23症例(31検体)

    初発時のみ:8症例、再発時のみ:7症例、初発時と再発時ペア:8症例

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース 初発時・再発時の腫瘍組織(または同じ腫瘍の別の部位の腫瘍組織)および末梢血(非腫瘍組織)から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit
断片化の方法 アルカリ法
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID

JGAD00000000107(オリゴデンドログリオーマ)

JGAD00000000113(小脳グリオーマ・大脳グリオーマ)

JGAD00000000216(初発時グレードII/IIIグリオーマとその再発時ペアを含む31検体)

JGAD00000000219(初発時グレードIVからの再発8検体)

総データ量 280 GB(fastq、bam)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy および P-DIRECT policy

 

Methylation array

対象

オリゴデンドログリオーマ(ICD10:C71):16症例(30検体)

小脳グリオーマ(ICD10:C71):17症例(17検体)

視床グリオーマ(ICD10:C71):14症例(14検体)

グリオーマ(ICD10:C71):93症例(113検体)

     初発時のみ:69症例、再発時のみ:4症例、初発時と再発時ペア:20症例

規模 メチル化アレイ
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HumanMethylation 450 BeadChip]
ソース 初発時・再発時の腫瘍組織(または同じ腫瘍の別の部位の腫瘍組織)および末梢血(非腫瘍組織)から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Illumina HumanMethylation450 BeadChip kit
メチル化率決定アルゴリズム(ソフトウェア) Genome Studio v2010.3
フィルタリング HumanMethylation450_15017482_v1.1 (bpm)
プローブ数(QC後) 485577 methylation sites
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID

JGAD00000000108(オリゴデンドログリオーマ)

JGAD00000000114(小脳グリオーマ・視床グリオーマ)

JGAD00000000217(初発時グレードII/IIIグリオーマとその再発時ペアを含む113検体)

総データ量 149 MB(txt)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy および P-DIRECT policy

 

提供者情報

研究代表者: 斉藤 延人

所 属 機 関: 東京大学 医学部 脳神経外科

プロジェクト/研究グループ名: 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム/がん臨床シーズ育成グループ

URL: http://p-direct.jfcr.or.jp/program/group02/team02.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム(P-DIRECT)

分子プロファイリングによる新規標的同定を通じた難治がん治療法開発/

悪性脳腫瘍克服のための新規治療標的及びバイオマーカーの創出

-
次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) 神経膠腫(グリオーマ)の治療抵抗性に関連した不均一性獲得機構の解明とそれに対応する治療戦略の構築 -

 

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