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NBDC Research ID: hum0045.v1

 

研究内容の概要

目的: 思春期・若年成人急性リンパ芽球性白血病(Acute Lymphoblastic Leukemia: ALL)の発症の原因となる遺伝子異常を同定する。

方法: Illumina HiSeq 2000 / 2500を使用したRNA-seq解析

対象: フィラデルフィア染色体陰性ALL 99症例、フィラデルフィア染色体陽性ALL 3症例、セルライン 5例、正常血球細胞 8例

URL: http://mano-lab.umin.jp/research.html

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000047 NGS(RNA-seq) 制限公開(Type I) 2016/03/29

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分子データ

JGAS00000000047

対象

フィラデルフィア染色体陰性ALL:99症例、フィラデルフィア染色体陽性ALL:3症例、

セルライン:5例、正常血球細胞:8例

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース

【フィラデルフィア染色体陰性/陽性ALL検体】

末梢血もしくは骨髄液から抽出したmRNA

【セルライン、正常血球細胞】

培養された細胞から抽出したmRNA

検体情報(購入の場合) セルライン、正常血球細胞(Takara/Lonzaより購入)
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 104 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000047
総データ量 3.29 TB(Fastq)
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提供者情報

研究代表者: 間野 博行

所 属 機 関: 東京大学 大学院医学系研究科 細胞情報学分野

プロジェクト/研究グループ名:

URL: http://mano-lab.umin.jp/research.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構・革新的先端研究開発支援事業 がん治療標的探索プロジェクト 15653406

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Recurrent DUX4 fusions in B-cell acute lymphoblastic leukemia of adolescents and young adults doi:10.1038/ng.3535 JGAD00000000047
2      

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
Jinyan Huang Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, State Key Laboratory Of Medical Genomics, Rui-jin Hospital JGAD00000000047 2016/05/23-2017/04/01
Robert Bradley Fred Hutchinson Cancer Research Center, Public Health Science JGAD00000000047 2016/08/04-2016/12/27
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