NBDCヒトデータベースについて

ヒトに関するデータは、次世代シークエンサーをはじめとした解析技術の発達に伴って膨大な量が産生されつつあり、それらを整理・格納して、生命科学の進展のために有効に活用するためのルールや仕組みが必要です。

国立研究開発法人科学技術振興機構(JST)バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)では、個人情報の保護に配慮しつつヒトに関するデータの共有や利用を推進するために、ヒトに関する様々なデータを共有するためのプラットフォーム『NBDCヒトデータベース』を設立するとともに、国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of JapanDDBJ logo ddbj 2013と協力して、ヒトに関するデータを公開しています。

本Webサイトを通じて、ヒトに関するデータの利用及びヒトに関するデータの提供を行なうことができます。データ共有についての概要はこちらをご参照下さい。

データ利用方法はこちらをご覧下さい。

Research ID研究題目公開日データの種類研究方法手法

参加者

(対象集団)

提供者アクセス制限

hum0001.v1

JGAS00000000002

SCA31罹患患者のゲノム解析データ

v1:2013/12/01

NGS

(WGS)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000)

SCA31:1症例

(日本人)

森下真一

制限(Type I)

hum0003.v1

DRA000908

関節リウマチ患者及び健常人における

HLA領域の塩基配列比較解析

v1:2013/07/01

NGS

(Target Capture)

HLA領域

配列決定

Illumina

(MiSeq)

33検体

(セルライン)

井ノ上逸朗

非制限公開

hum0004.v1

JGAS00000000001

上皮成長因子受容体遺伝子異変を有する

肺腺癌の体細胞性遺伝子変異プロファイル

解明のための分子疫学的研究

v1:2014/07/11

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(GAIIx)

肺腺癌:97症例

(日本人)

後藤功一

制限(Type I)

hum0005.v1

DRA001273

難聴の遺伝性解析と臨床応用に関する研究

v1:2014/01/27

NGS

(Target Capture)

9遺伝子領域

配列決定

Life technoligies

(Ion PGM)

Usher症候群:17症例

(日本人)

宇佐美真一

非制限公開

hum0006.v1

JGAS00000000004

脳腫瘍のゲノム・遺伝子解析と

その臨床病理学的意義の解明

v1:2014/01/31

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000)

6症例23検体

(日本人)

斉藤延人

(P-DIRECT)

制限(Type I)

hum0007.v1

JGAS00000000005

ヒトTh17細胞の活性化前後の遺伝子発現

v1:2015/02/12

NGS

(RNA-seq)

発現解析

Applied BioSystems

(AB5500 GA)

1名

(日本人)

巌本三壽

制限(Type I)

hum0009.v3

DRA003802

ヒト初期発生にかかわる細胞の

DNAメチル化解析基盤研究

v1:2014/12/24

v2:2015/01/07

v3:2015/08/03

NGS

(PBAT)

メチル化シトシン同定

Illumina

(HiSeq 2000/2500)

11検体

(日本人)

有馬隆博

非制限公開

hum0010.v1

JGAS00000000008

脾類上皮嚢腫関連遺伝子の探索

v1:2015/06/23

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000)

脾類上皮嚢腫:8症例

(日本人)

松藤凡

制限(Type I)

hum0011.v1

JGAS00000000015

B型肝炎ウイルスのヒトゲノム内組み込み

によるエピジェネティックな修飾

v1:2015/10/07

NGS

(Target Capture)

HBV組込部位

配列決定

Roche GS FLX Titanium

2検体(セルライン)

HBV感染肝癌:8症例

(日本人)

山本博幸

制限(Type I)

hum0012.v1

JGAS00000000012

ながはま0次コホート事業

v1:2015/08/19

SNP-chip

ゲノムワイド

健常人遺伝子型

Illumina

(Human610-Quad,

HumanOmni2.5-4/2.5-8/2.5S-8,

HumanExome-12, 

HumanCoreExome-12)

3712名

(日本人)

松田文彦

制限(Type I)

hum0013.v1

日本PGxデータサイエンスコンソーシアム

PGx研究のための日本人健常者2994名の

SNP遺伝子型データ

v1:2014/10/16

SNP-chip

ゲノムワイド

健常者内頻度

Illumina

(HumanOmni2.5-8)

2994名

(日本人)

末松浩嗣

非制限公開

hum0014.v4

オーダーメイド医療の実現プログラム

v1:2014/09/30

v2:2015/12/28(JSNP)

v3:2016/01/28

v4:2016/02/02

SNP-chip

ゲノムワイド

関連解析

Illumina

(Human610-Quad, HumanHap550v3, OmniExpress-12, OmniExpressExome)

Perlegen Sciences

(high-density oligonucleotide array)

Hologic Japan

(Invader)

心筋梗塞:1666症例、対照:3198名

健常者:934名(JSNP)

35疾患:各約190症例(JSNP)

食道癌:182症例(JSNP)

ALS:92症例(JSNP)

T2DM:9817症例、対照:6763名

T2DM:5646症例、対照:19,420名

AD:1472症例、対照:7966名

(日本人)

久保充明

非制限公開

hum0015.v1

ヒト全ゲノム解析に基づく高精度の

住民ゲノム参照パネルの作成

v1:2014/10/14

NGS

(WGS)

ゲノムワイド

健常者内頻度

Illumina

(HiSeq 2500)

1070名

(日本人)

山本雅之

非制限公開

hum0017.v1

JGAS00000000021

中枢神経原発悪性リンパ腫のエクソーム解析

v1:2016/02/22

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000)

PCNSL:45症例

(日本人)

間野博行

制限(Type I)

hum0018.v1

JGAS00000000009

神経筋変性疾患の遺伝子解析研究

v1:2015/02/03

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000)

神経筋変性疾患:14症例

対照:7名

(日本人)

辻省次

制限(Type I)

hum0019.v1

JGAS00000000011

消化器癌の発癌や進展に

深く関与しうる遺伝子、並びに

非コードRNAの量的・質的な異常の探索

v1:2015/04/01

NGS

(RNA-seq)

発現解析

Illumina

(HiSeq 2500)

消化器癌17症例

32検体

(日本人)

篠村恭久

(ゲノム支援)

制限(Type I)

hum0020.v1

JGAS00000000013

筋萎縮性側索硬化症の遺伝子解析研究

v1:2015/01/08

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000)

家族性ALS:11症例

(日本人)

田中章景

(ゲノム支援)

制限(Type I)

hum0021.v1

JGAS00000000014

精神神経疾患の原因解明および

診断法・治療法の開発に関する研究

v1:2015/01/26

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000)

健常一卵性双生児

3組6名

(日本人)

加藤忠史

(ゲノム支援)

制限(Type I)

hum0022.v1

JGAS00000000017

同種造血幹細胞移植後

ドナー由来白血病発症にかかわる

分子機構の解析

v1:2015/02/02

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000)

白血病:1症例

ドナー:1名

(日本人)

清井仁

(P-DIRECT)

制限(Type I)

hum0023.v1

JGAS00000000016

生活習慣病、動脈硬化性疾患、ならびに

抗加齢に関する遺伝疫学研究

v1:2015/01/28

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000)

III度以上の本態性

高血圧:30症例

(日本人)

三木哲郎

(ゲノム支援)

制限(Type I)

hum0024.v1

JGAS00000000023

造血器腫瘍における

遺伝子異常の網羅的解析

v1:2015/04/16

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(GAIIx,

HiSeq 2000/2500)

MDS:13症例

CMML:1症例

(日本人)

小川誠司

(P-DIRECT)

制限(Type I)

hum0027.v1

JGAS00000000024

JGAS00000000040

侵襲性歯周炎のヒト全ゲノム解析と遺伝子多型解析

v1:2016/07/28

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000/2500)

侵襲性歯周炎:44症例

村上伸也

制限(Type I)

hum0028.v1

JGAS00000000018

オーダーメイド医療の実現プログラム

v1:2015/06/02

SNP-chip

HLA領域

HLAアリルおよび

領域内遺伝子型決定

Illumina

(HumanOmniExpress,

HumanExome, Immunochip,

HumanHap550)

健常者908名

(日本人)

久保充明

(BBJ)

制限(Type I)

hum0029.v1

Stevens-Johnson症候群に対する

遺伝子多型解析

v1:2016/03/09

SNP-chip

ゲノムワイド

関連解析

Affymetrix

(Axiom ASI)

SJS:117症例

対照:691名

(日本人)

上田真由美

(ゲノム支援)

非制限公開

hum0030.v1

JGAS00000000022

婦人科臓器に発生する悪性腫瘍の

発症に関連する分子生物学的異常の検索

v1:2015/04/21

SNP-chip

ゲノムワイド

CNV解析

Affymetrix

(Human Mapping 250K

Nsp Array)

卵巣癌:57症例

(日本人)

織田克利

(P-DIRECT)

制限(Type I)

hum0031.v1

JGAS00000000042
JGAS00000000043
JGAS00000000044
JGAS00000000045

磁気共鳴画像装置で得られた脳画像の臨床評価尺度データベース構築と多施設による共同運用

v1:2015/11/20

脳画像

臨床情報

脳画像ベースの病態解明

Philips

(Achieva)

統合失調症:37症例

単極うつ病:8症例

双極性障害:2症例

健常者:129例

(日本人)

笠井清登

制限(Type I)

非制限公開

hum0032.v1

JGAS00000000026

JGAS00000000027

JGAS00000000028

ヒト消化器ならびに泌尿器上皮細胞の

標準エピゲノム解析

v1:2016/07/22

NGS

(WGBS

ChIP-seq

RNA-seq)

発現解析

メチル化解析

Illumina

(HiSeq 2000/2500)

肝部分切除術:8症例

(日本人)

金井弥栄

(IHEC)

制限(Type I)

hum0033.v1

DRA003516

ヒト唾液由来エキソソームの

機能解析に関する研究

v1:2015/04/28

NGS

(RNA-seq)

発現解析

Illumina

(GAIIx)

1名3検体

矢ノ下良平

非制限公開

hum0034.v1

JGAS00000000037

小細胞肺癌の網羅的ゲノム解析による

新たな治療標的の探索を目指した研究

v1:2015/10/01

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000)

SCLC:51症例

(日本人)

後藤功一

(P-DIRECT)

制限(Type I)

hum0035.v1

JGAS00000000036

固形腫瘍における遺伝子異常の網羅的解析

v1:2015/09/16

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000/2500)

RMS:16症例

PPB:7症例

(日本人)

滝田順子

(P-DIRECT)

制限(Type I)

hum0036.v1

DRA003736

全エクソームキャプチャプラットフォーム間の

性能比較

v1:2015/08/01

NGS

(Exome)

キャプチャ方法の

性能比較

Illumina

(HiSeq 2500)

HapMap

JPT 2検体

(日本人)

久保充明

非制限公開

hum0037.v1

JGAS00000000035

関節リウマチ感受性遺伝子を用いた

関節リウマチ病態の遺伝診断法の開発研究

v1:2015/09/24

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000)

RA:39症例

対照:10名(Pooled)

(日本人)

光永滋樹

(ゲノム支援)

制限(Type I)

hum0038.v1

JGAS00000000041

家族性致死性不整脈の病因解明

v1:2015/11/18

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000)

家族性致死性不整脈:11症例

(日本人)

蒔田直昌

(ゲノム支援)

制限(Type I)

hum0040.v1

JGAS00000000038

生殖発生に関わる細胞のエピゲノム解析基盤研究

v1:2016/09/16

NGS

(WGS、Exome、RNA-seq、BS-seq)

配列決定

発現解析

メチル化解析

Illumina

(HiSeq 2500)

ヒト胎盤:28検体

母体血:26検体

有馬隆博

(IHEC)

制限(Type I)

hum0042.v1

顎口腔領域の形質(性質や特徴)

に関与する遺伝子の探索

v1:2016/03/02

SNP-chip

ゲノムワイド

関連解析

Illumina

(HumanOmniExpress BeadChip)

変性顎関節症:146症例

非罹患:374名

第三大臼歯先天性欠如有:149症例

無欠如:338名

(日本人、韓国人)

山口徹太郎

(ゲノム支援)

制限(Type I)

hum0043.v1

JGAS00000000051

アルツハイマー病総合診断体系実用化プロジェクト

(J-ADNI全国臨床研究)

v1:2016/1/29

脳画像

臨床情報

脳画像ベースの病態解明

MRIスキャナー(15機種)

PETスキャナー(16機種)

MCI:234名

AD:154名

健常高齢者群:149名

(日本人)

岩坪 威

制限(Type I)

hum0045.v1

JGAS00000000047

思春期・若年成人急性リンパ芽球性白血病におけるトランスクリプトーム解析

v1:2016/03/29

NGS

(RNA-seq)

発現解析

Illumina

(HiSeq 2000/2500)

フィラデルフィア染色体陰性ALL :99検体

フィラデルフィア染色体陽性ALL :3検体

セルライン :5例

正常血球細胞 :8例

間野博行

(P-DIRECT)

制限(Type I)

hum0048.v1

DRA004251

次世代シークエンサーを用いた十二指腸・ファーター乳頭部腫瘍の全遺伝子のエクソン解析

v1:2016/02/05

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000/2500)

ファーター乳頭部がん:60症例

(日本人、米国人)

谷内田真一

非制限公開

hum0053.v1

JGAS00000000062

悪性中皮腫のプロファイリングによる新規分子標的の同定

v1:2016/07/20

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000/2500)

悪性中皮腫患者:38症例

(日本人)

中野孝司

(P-DIRECT)

制限(Type I)

hum0064.v1

JGAS00000000061

高齢者がん治療アルゴリズム開発のためのガイドポスト・データベースの構築と必須情報及びその推定モデル

v1:2016/08/26

*サンガー

TaqMan

qRT-PCR

マイクロアレイ

COBRA

治療情報

臨床情報

配列決定

発現解析

メチル化解析

Genetic Analyzer 3130

LightCycler 480II

Whole Human Genome DNAマイクロアレイ 4x44K

【ゲノム】

大腸癌:106症例

胃癌:62症例

肺癌:173症例

【後向き】

大腸癌:313 症例

胃癌:166 症例

肺癌:344 症例

糖尿・腎障害:300 症例

循環器疾患:357 症例

呼吸器疾患:49 症例

(日本人)

西山正彦

制限(Type I)

hum0066.v1

JGAS00000000060

癌の再発・転移に関与するnon-coding RNAの同定とその機序の解明

v1:2016/08/01

NGS

(Exome)

配列決定

Illumina

(HiSeq 2000)

大腸癌:9症例

(日本人)

三森功士

制限(Type I)

DDBJ Sequence Read Arichive (DRA)サイトにおいて、the European Sequence Read Archive (ERA)およびthe Sequence Read Archive (SRA)に登録済みデータを検索できます。

Database Center for Life Science (DBCLS) SRAサイトからの検索も可能です。

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