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NBDC Research ID: hum0036.v1

 

研究内容の概要

目的: 市販されている4種類の全エクソームキャプチャープラットフォーム間の性能比較

方法: 各エクソンキャプチャープラットフォーム (Roche/NimbleGen [SeqCap EZ Human Exome Library v3.0], Illumina [Nextera Rapid Capture Exome (v1.2)], Agilent [SureSelect XT Human All Exon v5, SureSelect QXT Human All Exon v5])ごとにシークエンスライブラリを作成し、Illumina社のHiSeq 2500により全エクソームシークエンシングを実施

対象: コリエル医学研究所より購入したHapMap-JPT検体由来のセルライン: 2名

 

データID内容制限公開日
DRA003736 NGS (Exome) 非制限公開 2015/08/01

※リリース情報はこちら

 

分子データ

DRA003736

対象 コリエル医学研究所より購入したHapMap-JPT検体由来のセルライン: 2名分
規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [Hiseq 2500]
ライブラリソース -
検体情報(購入の場合) https://catalog.coriell.org/1/NHGRI/Collections/HapMap-Collections/Japanese-in-Tokyo-Japan-JPT
ライブラリ作製方法(キット名)

Roche/NimbleGen [SeqCap EZ Human Exome Library v3.0]

Illumina [Nextera Rapid Capture Exome (v1.2)]

Agilent [SureSelect XT Human All Exon v5]

Agilent [SureSelect QXT Human All Exon v5]

断片化方法

Roche/NimbleGen [SeqCap EZ Human Exome Library v3.0]:超音波断片化(Covaris社)

Illumina [Nextera Rapid Capture Exome (v1.2)]:酵素反応を用いた断片化(トランスポゾーム )

Agilent [SureSelect XT Human All Exon v5]:超音波断片化(Covaris社)

Agilent [SureSelect QXT Human All Exon v5]:酵素反応を用いた断片化(トランスポゾーム )

ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプター、プライマー、リンカー) 161 bp x 2
DDBJ Sequence Read Archive ID DRA003736
総データ量 65 GB (fastq形式)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

※FastqファイルのダウンロードはDRAから。

※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞 (Acknowledgement)に記載して下さい。記載例はこちら

 

提供者情報

研究代表者: 久保充明

所 属 機 関: 理化学研究所統合生命医科学研究センター

プロジェクト/研究グループ名: 疾患多様性医科学研究部門

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
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タイトルDOIデータID
1 Performance comparison of four commercial human whole-exome capture platforms. doi: 10.1038/srep12742 DRA003736
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