NBDC Research ID: hum0030.v1

 

研究内容の概要

目的: 卵巣明細胞腺癌と他の卵巣癌組織型におけるゲノムコピー数の違いを比較することで、卵巣明細胞腺癌の分子生物学的特徴を明らかにする。

方法: ゲノムワイドSNPタイピングアレイを使用し約26万個のSNPプローブの蛍光強度を測定し、

     がんと正常を比較することでコピー数異常を検出する。

対象: 卵巣癌57症例(腫瘍部・末梢血、計114検体)

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000022 がんゲノムコピー数解析 制限公開(Type I) 2015/04/21

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分子データ

JGAS00000000022

対象

卵巣癌:57症例

(卵巣明細胞腺癌:31症例、漿液性腺癌:14症例、類内膜腺癌:12症例)

規模 genome wide CNVs
対象領域(Target Captureの場合)

-

Platform Affymetrix [GeneChip Human Mapping 250K Nsp Array]
ソース 卵巣癌切片から腫瘍部および非腫瘍部を取り分け、DNAを抽出
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) GeneChip Human Mapping 250K Nsp Array
コピー数決定アルゴリズム(ソフトウェア) genome imbalance map(GIM)algorithm(doi:10.1016/j.bbrc.2005.06.040
フィルタリング -
コピー数変異数(QC後) 262,264 CNVs
NBDC Data Set ID JGAD00000000022
総データ量 17.5 GB
コメント(利用にあたっての制限事項)

NBDC policyおよびP-DIRECT policy

 

提供者情報

研究代表者: 織田克利

所 属 機 関: 東京大学医学部 産科婦人科学教室

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(S) 統合的ゲノム解析によるがん細胞集団進化の解明 24221011
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 子宮体癌・卵巣癌においてアポトーシスを誘導する新規分子標的治療法の探 26462515

科学研究費助成事業 若手研究(B)

卵巣明細胞腺癌における遺伝子プロファイルに基づく新規分子標的治療法の探索 25861473
次世代がん研究シリーズ戦略的育成プログラム 「分子プロファイリングによる新規標的同定を通じた難治がん治療法開発」 (進行性卵巣がんの治療感受性を規定する遺伝子変異の同定) 11114014

 

関連論文

タイトルDOIデータID
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2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
小西郁生 京都大学大学院医学研究科 JGAD00000000022 2015/07/13 - 2017/03/31
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