NBDC Research ID: hum0027.v1

 

研究内容の概要

目的: 侵襲性歯周炎罹患者の全エクソン領域を解読することにより、(1)侵襲性歯周炎データベースの作成、および(2)侵襲性歯周炎の疾患関連遺伝子(一塩基多型および挿入欠失)の探索を行い、関連遺伝子について機能解析を実施することで、侵襲性歯周炎の予防・診断・治療方針の確立を目指す。

方法: Illumina HiSeq 2000を使用したExome解析

対象: 侵襲性歯周炎患者41症例(アメリカ歯周病学会の診断基準に基づき診断)

 

データID内容制限公開日

JGAS00000000024

JGAS00000000040

NGS(Exome)

制限公開(Type I) 2016/07/28

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分子データ

JGAS00000000024およびJGAS00000000040

対象 侵襲性歯周炎患者:41症例
規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース 末梢血から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Agilent SureSelect Human All Exon V5(50M)kit
断片化方法 超音波断片化(Covaris社、 E220)
ライブラリ構築方法 Pair-end
リード長(除:バーコード、アダプター、プライマー、リンカー) 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID

JGAD00000000024 (hg18)

JGAD00000000040 (hg19)

総データ量 460 GB(fastq/bam/vcfファイル)
コメント(利用にあたっての制限事項)

NBDC policy

公開日より1年間は民間企業での利用禁止

 

提供者情報

研究代表者: 村上伸也

所 属 機 関: 大阪大学大学院 歯学研究科

プロジェクト/研究グループ名:

URL: http://www.dent.osaka-u.ac.jp/admission/admission_000301.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
文部科学省科学研究費補助金 基盤研究A ゲノムワイドアプローチによる歯周病疾患関連遺伝子探索の新展開 15H02579
文部科学省科学研究費補助金 基盤研究C マトリックス分解酵素カテプシンAが歯周組織再生に及ぼす影響 15K11385

 

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