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NBDC Research ID: hum0017.v1

 

研究内容の概要

目的: 中枢神経原発悪性リンパ腫(primary central nervous system lymphoma: PCNSL)は原因不明な脳内リンパ腫であり、有効な治療に乏しい。全エクソン配列解析を行うことでタンパクコード遺伝子の体細胞変異を発見し、PCNSLのがん化機構の解明を目指す。

方法: 脳外科手術によって摘出されたPCNSL試料と、同一患者より得られた末梢血単核球(計45ペア)よりゲノムDNAを抽出し、SureSelect kit(Agilent)によりエクソン領域を純化した。これらをライブラリとし、HiSeq 2000(Illumina)により両端100-105塩基の配列を決定した(Paired-end)。

対象: PCNSL患者45症例

URL: http://mano-lab.umin.jp

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000021 NGS(Exome) 制限公開(Type I) 2016/02/22

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分子データ

JGAS00000000021

対象 PCNSL患者:45症例
規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合)

-

Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース

脳外科手術によって摘出されたPCNSL試料

同一患者より得られた末梢血単核球の

計45ペアから抽出したゲノムDNA

検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

SureSelect ver. 5(Agilent社)

NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina (New England Biolab)

断片化の方法

超音波断片化(Covaris社、LE220)

ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100-105 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000021
総データ量 1.65 TB
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NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 間野博行

所 属 機 関: 東京大学 大学院 医歯学総合研究科

プロジェクト/研究グループ名: PCNSL Genomic Analysis

URL: http://mano-lab.umin.jp

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号

日本医療研究開発機構

がん治療標的探索プロジェクト

-

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Genomic characterization of primary central nervous system lymphoma doi: 10.1007/s00401-016-1536-2 JGAD00000000021
2      

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
Li WEI National Key Laboratory of Birth Defects and Reproductive Health, Chongqing Institute of Population and Family Planning JGAD00000000021 2016/11/25-2020/10/05
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