NBDC Research ID: hum0017.v1

 

研究内容の概要

目的: 中枢神経原発悪性リンパ腫(primary central nervous system lymphoma: PCNSL)は原因不明な脳内リンパ腫であり、有効な治療に乏しい。全エクソン配列解析を行うことでタンパクコード遺伝子の体細胞変異を発見し、PCNSLのがん化機構の解明を目指す。

方法: 脳外科手術によって摘出されたPCNSL試料と、同一患者より得られた末梢血単核球(計41ペア)よりゲノムDNAおよびRNAを抽出し、Exome解析、RNA-seq解析を行った。

対象: PCNSL患者: 41症例

URL: http://mano-lab.umin.jp

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000021 NGS(Exome および RNA-seq 制限公開(Type I) 2016/02/22

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分子データ

Exome

対象 PCNSL患者:41症例
規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合)

-

Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース

脳外科手術によって摘出されたPCNSL試料

同一患者より得られた末梢血単核球の

計41ペアから抽出したゲノムDNA

検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

SureSelect ver. 5(Agilent社)

NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina (New England Biolab)

断片化の方法 超音波断片化(Covaris社、LE220)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100-105 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000021
総データ量 1.65 TB(bam、reference:hg19)
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RNA-seq

対象 PCNSL患者:30症例
規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース 脳外科手術によって摘出されたPCNSL試料から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina(New England BioLabs)
断片化の方法 上記kit中のRNA Seq Fragmentation Mix
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000021
総データ量 350 GB(fastq)
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提供者情報

研究代表者: 間野 博行

所 属 機 関: 東京大学大学院 医学系研究科 細胞情報学分野

プロジェクト/研究グループ名: PCNSL Genomic Analysis

URL: http://mano-lab.umin.jp

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構 がん治療標的探索プロジェクト -

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Genomic characterization of primary central nervous system lymphoma doi: 10.1007/s00401-016-1536-2 JGAD00000000021
2      

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
Li WEI National Key Laboratory of Birth Defects and Reproductive Health, Chongqing Institute of Population and Family Planning JGAD00000000021 2016/11/25-2020/10/05
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