NBDC Research ID: hum0016.v1

 

研究内容の概要

目的: 精巣特異的クロマチン関連因子の精子細胞における発現を解析することで、精子細胞のクロマチン形成のメカニズムを解明する

方法: 精子細胞において発現が認められた因子に関して、調整した精巣組織細胞のクロマチンを用いたChIP-seq解析(ヒストン抗体H3.5およびH3.3を使用)、および、対応検体のRNA-seq解析

対象: 正常ヒト精巣組織細胞

URL: http://nucleosome.kyushu-u.ac.jp

 

データID内容制限公開日
DRA002604

NGS

(ChIP-seq、RNA-seq)

非制限公開 2016/09/30

※リリース情報はこちら

 

分子データ

DRA002604

対象 1名の正常ヒト精巣組織細胞
規模

H3.5・H3.3特異的な抗体によってIPされる領域 (ChIP-seq)

および同検体のInput data(whole genome)とRNA-seq(whole genome)

対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina HiSeq1500
ライブラリソース 精巣組織細胞から抽出したDNAおよびRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina(ChIP-seq)

NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina(RNA-seq)

断片化の方法

MNase(ChIP-seq)

上記キットに準拠(RNA-seq)

ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 50 bp (depth: 0.5-0.8)
DDBJ Sequence Read Archive ID DRA002604
総データ量 15 GB
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

※FastqファイルのダウンロードはDRAから。

※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞 (Acknowledgement)に記載して下さい。記載例はこちら

 

提供者情報

研究代表者: 大川 恭行

所 属 機 関: 九州大学 生体防御医学研究所 トランスクリプトミクス分野

URL: http://tx.bioreg.kyushu-u.ac.jp

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
新学術領域研究 動的クロマチン構造と機能(領域番号:3506) 細胞分化にともなうクロマチン変動メカニズムの解明 25116010
     

 

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タイトルDOIデータID
1 Histone H3.5 forms an unstable nucleosome and accumulates around transcription start sites in human testis doi: 10.1186/s13072-016-0051-y DRA002604
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