NBDC Research ID: hum0164.v1

 

研究内容の概要

目的: 日本人の日焼けについてのゲノムワイド関連解析

方法: ゲノムワイド関連解析

対象: 住民コホートに参加した9,187名の遺伝子型データと日焼けに関するアンケート情報

URL: https://www.megabank.tohoku.ac.jp/

URL: http://iwate-megabank.org/

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000160 住民コホートに参加した9,187名の日焼けに関するGWAS 制限公開(Type I) 2018/12/14

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分子データ

JGAS00000000160

対象 住民コホートに参加した9,187名
規模 genome wide SNPs
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [Infinium OmniExpressExome-8]
ソース 末梢血から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Illumina Infinium OmniExpressExome-8 Beadchip Kit
遺伝子型決定アルゴリズム(ソフトウェア) GenCall software(GenomeStudio)
関連解析(ソフトウェア)

線形混合モデル(ソフトウェア:BOLT-LMM v2.3.2)

年齢、性別、第1から第10主成分得点で調整

フィルタリング

検体:Call rate > 0.98

SNP:HWE P < 0.0001、MAF < 0.01、Missing rate > 0.05

マーカー数(QC後) 6,193,994 SNPs(reference:hg19)
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID

JGAD00000000238

Dictionary file

* GWAS_summary_statistics_JST_Combined_set.txt.gz

宮城県または岩手県在住の日本人9,187人を対象とした日本人のスキンタイプにおけるGWAS統計情報

* GWAS_summary_statistics_JST_Miyagi.txt.gz

宮城県在住の日本人4,475人を対象とした日本人のスキンタイプにおけるGWAS統計情報

* GWAS_summary_statistics_JST_Iwate.txt.gz

岩手県在住の日本人4,712人を対象とした日本人のスキンタイプにおけるGWAS統計情報

総データ量 463 MB(txt)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 長﨑 正朗

所 属 機 関: 東北メディカル・メガバンク機構 ゲノム解析部門

プロジェクト/研究グループ名:-

URL: https://www.megabank.tohoku.ac.jp/

URL: http://iwate-megabank.org/

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構 医療研究開発推進事業費補助金 東北メディカル・メガバンク計画(東北大学)東日本大震災復興特別会計分 JP18km0105001
日本医療研究開発機構 医療研究開発推進事業費補助金 東北メディカル・メガバンク計画(東北大学)一般会計分 JP18km0105002
日本医療研究開発機構 ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業 AMEDが行うゲノム医療研究支援サービスを支える研究開発基盤の整備 JP18km0405001

 

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タイトルDOIデータID
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制限公開データの利用者一覧

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