NBDC Research ID: hum0158.v1

 

研究内容の概要

目的: 日本人の肝臓がんにおけるゲノム変異を探索する

方法: 肝臓がん切除切片における非腫瘍組織(正常組織)または血液、および腫瘍組織より抽出したDNAもしくはRNAを使用したNGSライブラリーを作成後、Illumina HiSeqまたは Genome Analyzerにて塩基配列を決定する。

対象: 肝臓がん(肝細胞がん、肝内胆管がん、混合型肝がん)患者の非腫瘍組織および腫瘍組織のDNA・RNA

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000151

NGS(WGS)

NGS(RNA-seq)

制限公開データ(Type I) 2018/10/22

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分子データ

NGS(WGS)

対象

肝臓がん:270 症例(281 検体)

(肝細胞がん [ICD10:C220]、肝内胆管がん [ICD10:C221]、混合型肝がん [ICD10:C227])

  腫瘍組織:281 検体

  非腫瘍組織:259 検体

規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000/2500, Genome Analyzer IIx]
ライブラリソース 肝臓がん切除切片における非腫瘍組織(正常組織)または血液および腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq DNA LT Sample Prep Kit もしくは TruSeq Nano DNA Low Throughput Library Prep Kit
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 125 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000228
総データ量 48 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

NGS(RNA-seq)

対象

肝臓がん:238 症例

(肝細胞がん [ICD10:C220]、肝内胆管がん [ICD10:C221]、混合型肝がん [ICD10:C227])

  腫瘍組織:238 検体

  非腫瘍組織:201 検体

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000, Genome Analyzer IIx]
ライブラリソース 肝臓がん切除切片における正常組織および腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq RNA Sample Prep Kit v2 もしくは TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000229
総データ量 3 TB(fastq)
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提供者情報

研究代表者: 中川 英刀

所 属 機 関: 理化学研究所 生命医科学研究センター

プロジェクト/研究グループ名:-

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
-

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Whole-genome mutational landscape and characterization of noncoding and structural mutations in liver cancer. doi: 10.1038/ng.3547

JGAD00000000228

JGAD00000000229

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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間