NBDC Research ID: hum0136.v1

 

研究内容の概要

目的: B型肝炎ワクチンの効果に関連する宿主遺伝因子の同定

方法: ゲノムワイド関連解析

対象: 日本人B型肝炎ワクチン接種者1,193例

URL: http://www.ncgmkohnodai.go.jp/genome/genome_ds/index.html

 

データID内容制限公開日
hum0136.v1.gwas.v1 日本人B型肝炎ワクチン接種者1,193名のGWAS統計情報 非制限公開 2018/05/22

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分子データ

hum0136.v1.gwas.v1

対象

日本人B型肝炎ワクチン接種者(Total:1,193名)

  ・ワクチン低反応群(107名、HBsAb 10mIU/mL以下)

  ・ワクチン中反応群(351名、HBsAb 10mIU/mL超、100 mIU/mL以下)

  ・ワクチン高反応群(735名、HBsAb 100mIU/mL超)

日本人B型肝炎ワクチン接種者(30歳未満:864名)

  ・ワクチン低反応群(56名、HBsAb 10mIU/mL以下)

  ・ワクチン中反応群(226名、HBsAb 10mIU/mL超、100 mIU/mL以下)

  ・ワクチン高反応群(582名、HBsAb 100mIU/mL超)

規模 genome wide SNPs
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Affymetrix [Axiom Genome-Wide ASI 1 Array]
ソース 末梢血から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Affymetrix AXIOM 2.0 Reagent Kit
遺伝子型決定アルゴリズム(ソフトウェア) GenCall software(Genotyping Console ver. 4.2.0.26)
フィルタリング

overall call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、

HWE P < 0.001、MAF < 0.05、Regression P < 0.05

マーカー数(QC後)

① 低反応群:0、中反応群:1、高反応群:2、とした回帰分析(年齢・性別で補正)

   ➡ 22,044 SNPs(hg19)[Figure 2]

30歳未満のみを対象とした、低反応群:0、中反応群:1、高反応群:2、とした回帰分析(年齢・性別で補正)

   ➡ 21,580 SNPs(hg19)[Supplementary Figure 4]

③ 低反応群:0、高反応群:1、とした回帰分析(年齢・性別で補正)

   ➡ 23,765 SNPs(hg19)[Supplementary Figure 5]

NBDC Data Set ID

hum0136.v1.gwas.v1

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総データ量 7.3 MB
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提供者情報

研究代表者: 溝上 雅史

所 属 機 関: 国立国際医療研究センター

プロジェクト/研究グループ名: ゲノム医科学プロジェクト

URL: http://www.ncgmkohnodai.go.jp/genome/index.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構(AMED)臨床ゲノム情報統合データベース整備事業 B型肝炎に関する統合的臨床ゲノムデータベースの構築を目指す研究 JP16kk0205007
日本医療研究開発機構(AMED)肝炎等克服緊急対策研究事業 ゲノム網羅的解析によるB型肝炎ウイルス感染の病態関連遺伝子の同定と新規診断法の開発 16fk021010h0001
日本医療研究開発機構(AMED)B型肝炎創薬実用化等研究事業 B型肝炎ウイルス排除、慢性化および肝発がんの機序解明を目指す研究 JP17fk0310115
科学研究費助成事業 基盤研究(C) B型慢性肝炎とHLA class II遺伝子との関連の包括的理解を目指す研究 16K09387

 

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タイトルDOIデータID
1 Key HLA‐DRB1‐DQB1 haplotypes and role of the BTNL2 gene for response to a hepatitis B vaccine doi: 10.1002/hep.29876 hum0136.v1.gwas.v1
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