NBDC Research ID: hum0134.v1
研究内容の概要
目的： Bリンパ腫の有効な治療法開発に役立つ分子標的、および患者層別化のためのゲノム・エピゲノムマーカーの同定
方法： Illumina HiSeq 2000を使用したExome解析
対象： Bリンパ腫60症例の原発巣及び再発巣の腫瘍組織、非腫瘍組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000087 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2018/04/06 |
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分子データ
| 対象 |
Bリンパ腫：60症例（合計147検体） 非腫瘍組織（正常組織）：60検体 腫瘍組織（原発巣・転移巣）：87検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | Bリンパ腫60症例の原発巣及び再発巣の腫瘍組織、非腫瘍組織より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V4 ＋ lincRNA、SureSelect Human All Exon V5 ＋ lincRNA |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris E220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000087 |
| 総データ量 | 3 TB （fastq [294 files]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 山口 俊晴
所 属 機 関： がん研究会有明病院
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
|
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム（P-DIRECT） |
分子プロファイリングによる新規標的同定を通じた難治がん治療法開発（消化器がん及びリンパ腫の再発／転移に特徴的な遺伝子変異の同定） | JP15cm0106060 |
| 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（特定奨励費） | 先進的がん治療法開発のためのマルチオミック解析による基盤的基礎研究（患者腫瘍検体のゲノム・エピゲノム情報解析とデータベース構築） | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
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