NBDC Research ID: hum0133.v1

 

研究内容の概要

目的: 胃がんの有効な治療法開発に役立つ分子標的、および患者層別化のためのゲノム・エピゲノムマーカーの同定

方法: Illumina HiSeq 2000を使用したExome解析

対象: 胃がん79症例の正常組織と、原発巣及び転移巣の腫瘍組織

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000086 NGS(Exome) 制限公開(Type I) 2018/04/06

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分子データ

JGAS00000000086

対象

胃がん:79症例(合計214検体)

 非腫瘍組織(正常組織):79検体

 腫瘍組織(原発巣・転移巣):135検体

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース 胃がん79症例の正常組織、原発巣及び転移巣の腫瘍組織より抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect Human All Exon V4 + lincRNA、SureSelect Human All Exon V5 + lincRNA
断片化の方法 超音波断片化(Covaris E220)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000086
総データ量 5 TB (fastq [428 files])
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提供者情報

研究代表者: 山口 俊晴

所 属 機 関: がん研究会有明病院

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号

国立研究開発法人日本医療研究開発機構

次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム

分子プロファイリングによる新規標的同定を通じた難治がん治療法開発(消化器がん及びリンパ腫の再発/転移に特徴的な遺伝子変異の同定) 15cm0106060h0005
科学研究費助成事業(科学研究費補助金)(特定奨励費) 先進的がん治療法開発のためのマルチオミック解析による基盤的基礎研究 患者腫瘍検体のゲノム・エピゲノム情報解析とデータベース構築 -


 

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