NBDC Research ID: hum0130.v1

 

研究内容の概要

目的: POEMS症候群(polyneuropathy, organomegaly, endocrinopathy, M-Protein, and skin changes syndrome)における形質細胞の遺伝学的特徴を他の形質細胞性疾患と比較する。

方法: POEMS症候群における形質細胞のゲノム解析および3疾患(POEMS症候群、多発性骨髄腫、単クローン性免疫グロブリン血症 [monoclonal gammopathy of undetermined significance:MGUS])の遺伝子発現解析。

対象: POEMS症候群(20例)、多発性骨髄腫(4例)、MGUS(5例)症例の形質細胞

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000150 NGS(ExomeTarget CaptureRNA-seq 制限公開(Type I) 2019/01/18

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分子データ

Exome

対象 POEMS症候群(ICD10:C90.2):15症例
規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) Coding exons
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース POEMS症候群の腫瘍細胞(骨髄形質細胞)と正常細胞(頬粘膜細胞)から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect Human ALL Exon V5
断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 121 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000226
総データ量 171 GB(bam [ref: hg19])
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Target Capture

対象 POEMS症候群(ICD10:C90.2):20症例
規模 Target Capture
対象領域(Target Captureの場合) Coding exons of selected genes
Platform Illumina [MiSeq]
ライブラリソース POEMS症候群の腫瘍細胞(骨髄形質細胞)と正常細胞(頬粘膜細胞)から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) custom designed SureSelect XT2 Kit
断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 273 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000226
総データ量 171 GB(bam [ref: hg19])
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RNA-seq

対象

POEMS症候群(ICD10:C90.2):5症例

多発性骨髄腫(ICD10:C90.0):4症例

MGUS(ICD10:D47.2):5症例

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 1500]
ライブラリソース POEMS症候群、多発性骨髄腫、MGUSの腫瘍細胞(骨髄形質細胞)から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、NEBNext Ultra DNALibrary Prep Kit
断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 60 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000226
総データ量 171 GB(fastq)
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提供者情報

研究代表者: 堺田 恵美子

所 属 機 関: 千葉大学大学院医学研究院・細胞治療内科学(千葉大学病院 血液内科)

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 骨髄微少環境と形質細胞の相互作用に基づいたPOEMS症候群の発症機構の解明 26461397
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 次世代シークエンサーによるMRD検出法に基づくPOEMS症候群の治療戦略の確立 15K09494

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Genetic and transcriptional landscape of plasma cells in POEMS syndrome. doi: 10.1038/s41375-018-0348-x JGAD00000000226
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間