NBDC Research ID: hum0129.v1

 

研究内容の概要

目的: CHARGE症候群患者における中枢神経系の機能解析

方法: CHARGE症候群患者由来線維芽細胞から樹立したiPS細胞溶解液、および、iPS細胞を神経上皮様細胞(神経前駆細胞)へ分化誘導した細胞溶解液に対して免疫沈降(抗ヒストン抗体:H3K27ac[Acetyl Lys27])を実施後、DNAを調整してChIP-seqを実施した。

対象: CHARGE症候群2症例(CH1、CH2)

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000131 NGS(ChIP-seq) 制限公開(Type I) 2018/04/06

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分子データ

JGAS00000000131

対象 CHARGE症候群(ICD10:Q878):2症例(2検体ずつ計4検体)
規模 ChIP-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina HiSeq 2500
ライブラリソース

CHARGE症候群患者由来皮膚線維芽細胞より樹立したiPS細胞から分化誘導した神経上皮様細胞から抽出したDNA

抗ヒストン抗体(H3K27ac)を用いて免疫沈降

検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) KAPA Hyper Preparation kit
断片化の方法 超音波断片化(Covaris社、 S2)
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 50 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000142
総データ量

9 GB

 Data ファイル数:16 (fastq)

 Analysis ファイル数:8 (wig、ref:hg19)

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提供者情報

研究代表者: 岡野 栄之

所 属 機 関: 慶應義塾大学医学部

URL:

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
再生医療実現拠点ネットワークプログラム 疾患・組織別実用化研究拠点 iPS 細胞由来神経前駆細胞を用いた脊髄損傷・脳梗塞の再生医療 16bm0204001h0004
国立研究開発法人日本医療研究開発機構 再生医療実用化研究事業 ヒト iPS 由来神経前駆細胞の腫瘍形成能のメカニズムとその制御による安全性 確保の検討 15bk0104009h0003


 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Chromatin remodeler CHD7 regulates the stem cell identity of human neural progenitors doi: 10.1101/gad.301887.117 JGAD00000000142
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間