NBDC Research ID: hum0125.v1

 

研究内容の概要

目的: 自己免疫疾患における免疫担当細胞の解析

方法: RNA-seq

対象: クローン病3症例の病変部および大腸がん4症例の切除切片の中の非腫瘍組織(正常大腸組織)について、分離マーカーの違い(CD14-CD11c- / CD14-CD11c- / CD14+CD11c-CD163low)によって単離した細胞から抽出したRNA

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000127 NGS(RNA-seq) 制限公開(Type I) 2018/11/05

※リリース情報はこちら

※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら

 

分子データ

JGAS00000000127

対象

クローン病(ICD10:K50):3症例

大腸がん:4症例(非腫瘍組織)

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Thermo Fisher Scientific [Ion S5]
ライブラリソース クローン病の病変部および大腸がんの切除切片の中の非腫瘍組織(正常大腸組織)について、分離マーカーの違い(CD14-CD11c- / CD14-CD11c- / CD14+CD11c-CD163low)によって単離した細胞から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) KAPA Library Preparation Kit
断片化の方法 KAPA Frag
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 平均 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000138
総データ量 86 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 坂口 志文

所 属 機 関: 大阪大学免疫学フロンティア研究センター 実験免疫学

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(A) 炎症性腸疾患の病態解析 15H02511
科学研究費助成事業 若手研究(B) 炎症性腸疾患における抗原提示細胞の異常活性化の機序および機能解析 17K16546

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Innate Myeloid Cell Subset-Specific Gene Expression Patterns in the Human Colon are Altered in Crohn’s Disease Patients doi: 10.1159/000490890 JGAD00000000138
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間