NBDC Research ID: hum0118.v1

 

研究内容の概要

目的: 子宮体がんのリンパ節転移有無を鑑別するバイオマーカー探索

方法: CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)、サンガー法

対象: 子宮体がん17症例の摘出組織(腫瘍組織)から抽出したRNA

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000124

NGS(CAGE-seq)

サンガー法

制限公開(Type I) 2017/12/11

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分子データ

CAGE-seq

対象 子宮体がん(ICD10:C54.1)の摘出組織(腫瘍組織):15検体
規模 CAGE-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 子宮体がん摘出組織の腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) CAGE assay ※論文Method参照
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 47 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000135
総データ量 5 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

※CAGE assayの参照論文

1) Detecting expressed genes using CAGE. Methods Mol Biol. 2014; 1164:67–85. (doi: 10.1007/978-1-4939-0805-9_7)

 

サンガー法

対象 子宮体がん(ICD10:C54.1)の摘出組織(腫瘍組織):3検体(1検体はCAGE-seqと重複)
規模 サンガー法
対象領域(Target Captureの場合) TACC2(chr10:123,748,689-124,014,057 [ref: hg19])
Platform Thermo Fisher Scientific (ABI) 3500 Genetic Analyzer
ライブラリソース 子宮体がん摘出組織の腫瘍組織から抽出したRNAを逆転写したcDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing kit
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000135
総データ量 5 GB(fasta)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 林崎 良英

所 属 機 関: 理化学研究所 予防医療・診断技術開発プログラム

プロジェクト/研究グループ名: CAGE法による子宮体がんにおける新規バイオマーカーの網羅的解析(順天堂大学 寺尾泰久)

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(C) CAGE法を用いた子宮体癌におけるリンパ節転移予測マーカーの同定 15K10732
理化学研究所 オミックス基盤研究領域 運営費交付金
理化学研究所 予防医療・診断技術開発プログラム 運営費交付金

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Promoter-level transcriptome in primary lesions of endometrial cancer identified biomarkers associated with lymph node metastasis. doi: 10.1038/s41598-017-14418-5 JGAD00000000135
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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間