NBDC Research ID: hum0114.v1

 

研究内容の概要

目的: 日本人細胞株由来のゲノムデータを用いた遺伝統計解析の実施

方法: ゲノムワイド関連解析の実施(乾癬)

対象: 日本人細胞株由来ゲノム

 

データID内容制限公開日
hum0114.v1.gwas.v1 乾癬282症例および対照426名のGWAS 非制限公開 2017/12/18

※リリース情報はこちら

 

分子データ

hum0114.v1.gwas.v1

対象

乾癬:282症例(JBIC細胞株)

対照:426名(JBIC細胞株)

規模 genome wide SNPs
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HumanCoreExome BeadChip]
ソース

JCRB生物資源バンクの日本人由来B細胞株

(JBIC細胞株の健常人:426 名、及び乾癬患者282名)から抽出したDNA

検体情報(購入の場合) http://www.jbic.or.jp/enterprise/developer/013.html
調整試薬(キット名、バージョン) Illumina HumanCoreExome BeadChip kit
遺伝子型決定アルゴリズム(ソフトウェア) GenCall software(GenomeStudio)
フィルタリング sample call rate < 0.99, SNP call rate < 0.99, HWE-P < 1x10^-7
マーカー数(QC後) 255,632 SNPs(常染色体、hg19)
NBDC Data Set ID

hum0114.v1.gwas.v1

(データのダウンロードは上記Data Set IDをクリックしてください)

Dictionary file

総データ量 6 MB(txt.zip)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 岡田 随象

所 属 機 関: 大阪大学大学院医学系研究科 遺伝統計学

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
-

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Variants at HLA-A, HLA-C, and HLA-DQB1 confer risk of psoriasis vulgaris in Japanese doi: 10.1016/j.jid.2017.10.001 hum0114.v1.gwas.v1
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