NBDC Research ID: hum0111.v1

 

研究内容の概要

目的: 胃がんにおける腫瘍浸潤リンパ球の遺伝子解析

方法: Illumina HiSeq 2000を使用したRNA-seqおよびIllumina MiSeqを使用したT/B細胞抗原受容体mRNAのターゲットシーケンシング

対象: びまん性胃癌30症例(RNA-seqは腫瘍組織のみ。Amplicon-seqは腫瘍組織とその近傍の非腫瘍組織のペア)

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000103

NGS(RNA-seq)

NGS(Amplicon-seq)

制限公開(Type I) 2017/07/31

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分子データ

NGS(RNA-seq)

対象 びまん性胃がん:30症例(腫瘍組織のみ)
規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [Hiseq 2000]
ライブラリソース 腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp x 2
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000105
総データ量 5.1MB(FPKM値 [txt])
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NGS(Amplicon-seq)

対象 びまん性胃癌:30症例(腫瘍組織と非腫瘍組織のペア)
規模 Amplicon-seq
対象領域(Target Captureの場合) TCRα、TCRβ、IgVH、IgVκ/λ遺伝子のV領域からC領域まで
Platform Illumina [MiSeq]
ライブラリソース 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Amplicon
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 300 bp x 2
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000104
総データ量 64 GB(fastq [480 files])
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提供者情報

研究代表者: 石川 俊平

所 属 機 関: 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 ゲノム病理学分野

プロジェクト/研究グループ名:-

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 若手研究(A)

がん浸潤リンパ球の抗原受容体次世代シーケンス

~がん免疫システムの包括的理解~

26710009
次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) 胃癌における癌細胞と免疫細胞の統合ゲノミクス 15655817
革新的バイオ医薬品創出基盤技術開発事業 臨床腫瘍特異的なシングルドメイン抗体機能複合体の取得技術に関する研究 14014019

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Immunogenetic Profiling for Gastric Cancers Identifies Sulfated Glycosaminoglycans as Major and Functional B-cell Antigens among Human Malignancies doi: 10.1016/j.celrep.2017.07.016 JGAD00000000105
2      

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
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