NBDC Research ID: hum0108.v1

 

研究内容の概要

目的: パニック症に関わるDNAメチル化の探索

方法: メチル化アレイによりパニック症患者および健常者のゲノムワイドなメチル化率を取得後、ケース・コントロール解析を実施

対象: パニック症48症例、対照健常者48名(一卵性双生児不一致例を1組含む)

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000111 メチル化アレイ 制限公開(Type I) 2017/06/26

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分子データ

JGAS00000000111

対象

パニック症患者(ICD10:F410):48症例

対照健常者:48名

(一卵性双生児不一致例1組を含む)

規模 メチル化アレイ
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina Infinium® Human Methylation 450K BeadChip
ソース 末梢血から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン)

バイサルファイト変換:EZ DNA Methylation™ Kit(Zymo Research)

メチル化解析:Infinium® Human Methylation 450K BeadChip kit(Illumina)

メチル化率決定アルゴリズム(ソフトウェア) iScan system and GenomeStudio Software (Illumina)
フィルタリング

detection P value < 0.01のβ値は欠測値とした上で以下の条件を満たすprobeについて解析対象とした

(1) probe call rate >95%

(2) 性染色体上にない

(3) probeがその配列にマイナーアリル頻度が5%以上のSNPを含まない

(4) probeがゲノム上のターゲット領域以外にハイブリダイズする可能性があると報告されていない*1

マイクロアレイ標準化方法

(1) Lumi: quantile normalizationbeta mixture quantile*2

(2) BMIQ normalization*3

(3) ComBat*4

プローブ数(QC後) 376,602 methylation sites (reference: hg19)
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000120
総データ量 485 MB(xlsx)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

*1:Chen YA, Lemire M, Choufani S, Butcher DT, Grafodatskaya D, Zanke BW, Gallinger S, Hudson TJ, Weksberg R: Discovery of cross-reactive probes and polymorphic CpGs in the Illumina Infinium HumanMethylation450 microarray. Epigenetics 2013, 8(2):203-209

*2:Du P, Kibbe WA, Lin SM: lumi: a pipeline for processing Illumina microarray. Bioinformatics 2008, 24(13):1547-1548

*3:Teschendorff AE, Marabita F, Lechner M, Bartlett T, Tegner J, Gomez-Cabrero D, Beck S: A beta-mixture quantile normalization method for correcting probe design bias in Illumina Infinium 450 k DNA methylation data. Bioinformatics 2013, 29(2):189-196

*4:Johnson WE, Li C, Rabinovic A: Adjusting batch effects in microarray expression data using empirical Bayes methods. Biostatistics 2007, 8(1):118-127

 

提供者情報

研究代表者: 徳永 勝士

所 属 機 関: 東京大学大学院 医学系研究科 国際保健学専攻 人類遺伝学教室

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 特別研究員奨励費 パニック障害に関連する遺伝要因の探索 15J04964
科学研究費助成事業 基盤研究(C) ゲノムワイド関連解析とDNAメチル化解析を統合したパニック障害候補遺伝子の探索 26461712
科学研究費助成事業 基盤研究(C) うつ病に関連する遺伝子およびそのメチル化と養育期環境の交互作用の解析 25461723
武田科学振興財団医学系研究奨励 全ゲノムDNAメチル化関連解析によるパニック障害候補遺伝部位の探索 -

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Epigenome-wide association study of DNA methylation in panic disorder doi: 10.1186/s13148-016-0307-1 JGAD00000000120
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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
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