NBDC Research ID: hum0096.v1

 

研究内容の概要

目的: 多数の小児T細胞性急性リンパ芽球性白血病(小児T-ALL)検体について、次世代シーケンサーを用いた種々の遺伝子解析技術により、疾患発症の原因となる遺伝子異常をゲノムワイドに同定し、解析する。

方法: RNA-seq解析により融合遺伝子を同定し、発現解析をする。

対象: 小児T-ALL 123症例

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000090 NGS(RNA-seq) 制限公開(Type I) 2017/05/25

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分子データ

JGAS00000000090

対象 小児T-ALL(C91.0):123症例
規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [Hiseq 2500]
ライブラリソース 小児T-ALL患者の骨髄液や末梢血、リンパ節から抽出したtotal RNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

illumina TruSeq RNA Library Prep Kit

NEB NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina

断片化の方法 酵素反応
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 108 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000090
総データ量

927 GB

 Data ファイル数:123 files (bam, reference: hg19)

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提供者情報

研究代表者: 滝田 順子

所 属 機 関: 東京大学大学院 医学系研究科 生殖・発達・加齢医学専攻 小児医学講座

プロジェクト/研究グループ名:

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) 分子プロファイリングを基盤とした小児期からAYA世代に発症する難治がんの新規治療法 の開発 16cm0106509h001
科学研究費助成事業 基盤研究(B) マルチオミックス情報を基盤とした難治性小児がんに対する新規克服法の開発 17H04224

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Recurrent PU.1 (SPI1) fusions in high-risk pediatric T cell acute lymphoblastic leukemia doi: 10.1038/ng.3900 JGAD00000000090
2      

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
Jinyan HUANG Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, State Key Laboratory Of Medical Genomics, Rui-jin Hospital JGAD00000000090 2017/07/19-2018/04/01
BERNARD Olivier Institut Gustave Roussy JGAD00000000090 2017/09/14-2019/12/31
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