NBDC Research ID: hum0096.v2
研究内容の概要
目的： 多数の小児T細胞性急性リンパ芽球性白血病（小児T-ALL）検体について、次世代シーケンサーを用いた種々の遺伝子解析技術により、疾患発症の原因となる遺伝子異常をゲノムワイドに同定し、解析する。
方法： 小児T-ALL123例の検体のRNA-seq解析を行い、融合遺伝子を同定し、発現データの解析をする。うち、79例に対してDNAメチル化アレイ解析を行い、発現データと統合的に解析をする。
対象： 小児T-ALL 123症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000090 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2017/05/25 |
| JGAS000138 | メチル化アレイ | 制限公開（Type I） | 2019/11/18 |
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分子データ
| 対象 | 小児T-ALL（ICD10：C91.0）：123症例 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 小児T-ALL患者の骨髄液や末梢血、リンパ節から抽出したtotal RNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
TruSeq RNA Library Prep Kit NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 108 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000090 |
| 総データ量 | 927 GB （bam [ref: hg19]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 小児T-ALL（ICD10：C91.0）：79症例 |
| 規模 | メチル化アレイ |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Infinium MethylationEPIC] |
| ソース | 小児T-ALL患者の骨髄液や末梢血、リンパ節から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kit、Infinium MethylationEPIC |
| メチル化率決定アルゴリズム（ソフトウェア） | - |
| プローブ数 | 866,554プローブ（raw data） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000207 |
| 総データ量 | 2 GB（idat） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 滝田 順子
所 属 機 関： 東京大学大学院 医学系研究科 生殖・発達・加齢医学専攻 小児医学講座
プロジェクト/研究グループ名：
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | 分子プロファイリングを基盤とした小児期からAYA世代に発症する難治がんの新規治療法 の開発 | JP16cm0106509 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | マルチオミックス情報を基盤とした難治性小児がんに対する新規克服法の開発 | 17H04224 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Recurrent PU.1 (SPI1) fusions in high-risk pediatric T cell acute lymphoblastic leukemia | doi: 10.1038/ng.3900 | JGAD000090 |
| 2 | DNA methylation-based classification reveals difference between pediatric T-cell acute lymphoblastic leukemia and normal thymocytes | doi: 10.1038/s41375-019-0626-2 | JGAD000207 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| Jinyan HUANG | Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, State Key Laboratory Of Medical Genomics, Rui-jin Hospital | JGAD000090 | 2017/07/19-2018/04/01 | ||
| BERNARD Olivier | Institut Gustave Roussy | JGAD000090 | 2017/09/14-2019/12/31 | ||
| Jun J Yang | Department of Pharmaceutical Science, St. Jude Children's Hospital | JGAD000090 | 2019/04/11-2019/07/07 | ||
| Charles G. Mullighan | Pathology Department, St. Jude Children's Research Hospital | Genomic analysis for acute lymphoblastic leukemia | JGAD000090 | 2019/10/11-2020/01/17 | |
| Takaomi Sanda | Cancer Science Institute of Singapore, National University of Singapore | Sequencing and Expression Analyses in T-Cell Leukemia Using Publicly-Available Datasets | JGAD000090, JGAD000207 | 2020/07/14-2024/03/31 | |
| Charles de Bock | Children's Cancer Institute, University of New South Wales | Elusidating the role of the TCF7-SPI1 fusion in T cell acute lymphoblastic leukemia | JGAD000090 | 2020/08/17-2021/06/09 | |
| Chengyu Liang | The Wistar institute | Oncogenic mechanism of T-cell lymphoblastic leukemia | JGAD000090, JGAD000207 | 2022/01/07-2024/11/22 | |
| 安田 貴彦 | 名古屋医療センター 臨床研究センター | 造血器疾患の分子病態の解明ならびに有効かつ安全性の高い治療法開発を目指した基盤研究 | JGAD000090 | 2022/01/10-2025/03/31 | |
| Jinyan Huang | Zhejiang University School of Medicine | Comprehensive analysis of alternative splicing in malignant tumors | JGAD000090, JGAD000207 | 2022/03/07-2024/01/01 | |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000090 | 2022/12/26-2025/03/31 |
