NBDC Research ID: hum0094.v3

 

研究内容の概要

目的: ゲノム解析による乳がん、肺腺がん、および、大腸がんの病態解明

方法: HiSeq2000/2500によるWhole Genome Sequencing (WGS)、Whole Exome Sequencing (WES)、RNA-seq、RNA access、メチル化アレイ、および、SNPアレイ。WGS、WES、メチル化アレイ、および、SNPアレイは腫瘍組織とペア正常組織を解析している。

対象: 手術切除切片(腫瘍組織および非腫瘍組織)、末梢血(正常組織)

   WES:トリプルネガティブ乳がん36症例

       肺腺がん43症例

       MSI-H大腸がん149症例

   WGS:トリプルネガティブ乳がん16症例(WESを実施した36症例に含まれる)

   RNA-seq:トリプルネガティブ乳がん23症例(WESを実施した36症例に含まれる)

        エストロゲン受容体陽性乳がん17症例

        HER2陽性乳がん15症例

        肺腺がん43症例

        MSI-H大腸がん94症例

   RNA access:MSI-H大腸がん18症例

   メチル化アレイ:MSI-H大腸がん93症例

   SNPアレイ:MSI-H大腸がん25症例

URL: http://mano-lab.umin.jp

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000095 NGS(WGSExomeRNA-seq 制限公開(Type I) 2017/09/04
JGAS00000000105 NGS(ExomeRNA-seq 制限公開(Type I) 2018/01/22
JGAS00000000113

NGS(ExomeRNA-seqRNA access

メチル化アレイSNPアレイ

制限公開(Type I) 2019/02/12

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分子データ

WGS

対象 トリプルネガティブ乳がん(ICD10:C50):16症例
規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース 乳がんの切除標本(腫瘍組織およびペア非腫瘍組織)もしくは末梢血(正常組織)から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext® Ultra™ DNA Library Prep Kit for Illumina®
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 103 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000095
総データ量 8 TB(bam [ref:hg19])
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Exome

対象

トリプルネガティブ乳がん(ICD10:C50):36症例

肺腺がん(ICD10:C349):43症例

MSI-H大腸がん(ICD10:C18, C19, C20):149症例

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース 乳がん、肺腺がん、および、大腸がんの切除標本(腫瘍組織およびペア非腫瘍組織)もしくは末梢血(正常組織)から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext® Ultra™ DNA Library Prep Kit for Illumina®, SureSelect Human All Exon V5
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー)

乳がん、肺腺がん:103 bp

大腸がん:104 bp または 135 bp

Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID

乳がん:JGAD00000000095

肺腺がん:JGAD00000000110(bam)

大腸がん:JGAD00000000122(bam)

総データ量 15 TB(bam [ref:hg19/hg38])
コメント(利用にあたっての制限事項)

NBDC policy(JGAD00000000095、JGAD00000000122)

NBDC policy および 民間企業における利用禁止(JGAD00000000110)

 

RNA-seq

対象

トリプルネガティブ乳がん(ICD10:C50):23症例

エストロゲン受容体陽性乳がん(ICD10:C50):17症例

HER2陽性乳がん(ICD10:C50):15症例

肺腺がん(ICD10:C349):43症例

MSI-H大腸がん(ICD10:C18, C19, C20):94症例

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース 乳がん、肺腺がん、および、大腸がんの切除標本(腫瘍組織)から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext® Ultra™ Directional RNA Library Prep Kit for Illumina®
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー)

乳がん、肺腺がん:103 bp

大腸がん:104 bp または 135 bp

Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID

乳がん:JGAD00000000095

肺腺がん:JGAD00000000111(fastq)

大腸がん:JGAD00000000122(fastq)

総データ量 15 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項)

NBDC policy(JGAD00000000095、JGAD00000000122)

NBDC policy および 民間企業における利用禁止(JGAD00000000111)

 

RNA access

対象 MSI-H大腸がん(ICD10:C18, C19, C20):18症例
規模 RNA access
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース 大腸がんの切除標本(腫瘍組織)から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq® RNA Access Library Prep Kit
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 104 bp または 135 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000122
総データ量 5 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

メチル化アレイ

対象

MSI-H大腸がん(ICD10:C18, C19, C20):93症例

正常組織:20検体

規模 メチル化アレイ
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [Infinium Human MethylationEPIC BeadChip]
ソース 大腸がんの切除標本(腫瘍組織およびペア非腫瘍組織)から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Infinium Human MethylationEPIC BeadChip Kit
メチル化率決定アルゴリズム(ソフトウェア) GenomeStudio(Illumina)
フィルタリング Detection P-value ≧ 0.05
マイクロアレイ標準化方法 -
プローブ数 867,926 プローブ数
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000122
総データ量 5 TB (tsv)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

SNP array

対象 MSI-H大腸がん(ICD10:C18, C19, C20):25症例
規模 genome wide CNVs
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HumanOmni2.5-8 BeadChip]
ソース 大腸がんの切除標本(腫瘍組織およびペア非腫瘍組織)から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Infinium HumanOmni2.5-8 kit
コピー数決定アルゴリズム(ソフトウェア) GenomeStudio(Illumina)
フィルタリング Illumina Infinium Assay Ver.2.1. に記載
コピー数変異数(QC後) -
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000122
総データ量 5 TB(tsv)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 間野 博行

所 属 機 関: 東京大学大学院 医学系研究科 細胞情報学分野

プロジェクト/研究グループ名:

URL: http://mano-lab.umin.jp

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構・革新的先端研究開発支援事業インキュベートタイプ(LEAP) がん治療標的探索プロジェクト -
科学研究費助成事業 基盤研究(C) ヒト悪性腫瘍におけるRACがん遺伝子の発がん機構の解明 26430106
高松宮妃癌研究基金 RACがん遺伝子の発がんメカニズムの解明 -
日本医療研究開発機構(AMED) 次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) ヒト上皮性腫瘍の発生・進展機構の解明と新規治療標的の同定 JP17cm0106502

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Integrative analysis of genomic alterations in triple-negative breast cancer in association with homologous recombination deficiency doi: 10.1371/journal.pgen.1006853 JGAD00000000095
2 Inactivating mutations and hypermethylation of the NKX2-1/TTF-1 gene in non-terminal respiratory unit-type lung adenocarcinomas. doi: 10.1111/cas.13313 JGAD00000000110、JGAD00000000111
3 Fusion Kinases Identified by Genomic Analyses of Sporadic Microsatellite Instability-High Colorectal Cancers doi: 10.1158/1078-0432.CCR-18-1574 JGAD00000000122

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間