NBDC Research ID: hum0094.v1

 

研究内容の概要

目的: ゲノム解析による乳がんの病態解明

方法: HiSeq2000/2500によるWhole Genome Sequencing (WGS)、Whole Exome Sequencing (WES)、RNA-seq。WGSおよびWESは腫瘍組織とペア正常組織を解析している。

対象: 手術切除切片(腫瘍組織および非腫瘍組織)、末梢血(正常組織)

   WES:トリプルネガティブ乳がん36症例

   WGS:トリプルネガティブ乳がん16症例(WESを実施した36症例に含まれる)

   RNA-seq:トリプルネガティブ乳がん23症例(WESを実施した36症例に含まれる

        エストロゲン受容体陽性乳がん17症例

        HER2陽性乳がん15症例

URL: http://mano-lab.umin.jp

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000095 NGS(WGSExomeおよびRNA-seq 制限公開(Type I) 2017/09/04

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分子データ

WGS

対象 トリプルネガティブ乳がん:16症例
規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース 乳がんの切除標本(腫瘍組織およびペア非腫瘍組織)もしくは末梢血(正常組織)から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext® Ultra™ DNA Library Prep Kit for Illumina®
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 103 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000095
総データ量 8 TB(bam [reference:hg19])
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Exome

対象 トリプルネガティブ乳がん:36症例
規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース 乳癌の切除標本(腫瘍組織およびペア非腫瘍組織)もしくは末梢血(正常組織)から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext® Ultra™ DNA Library Prep Kit for Illumina®, SureSelect Human All Exon V5
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 103 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000095
総データ量 8 TB(bam [reference:hg19])
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

RNA-seq

対象

トリプルネガティブ乳がん:23症例

エストロゲン受容体陽性乳がん:17症例

HER2陽性乳がん:15症例

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース 乳癌の切除標本(腫瘍組織)から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext® Ultra™ Directional RNA Library Prep Kit for Illumina®
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 103 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000095
総データ量 8 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 間野 博行

所 属 機 関: 東京大学大学院 医学系研究科 細胞情報学分野

プロジェクト/研究グループ名:

URL: http://mano-lab.umin.jp

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構・革新的先端研究開発支援事業 がん治療標的探索プロジェクト -
科学研究費助成事業 基盤研究(C) ヒト悪性腫瘍におけるRACがん遺伝子の発がん機構の解明 26430106
高松宮妃癌研究基金 RACがん遺伝子の発がんメカニズムの解明 -

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Integrative analysis of genomic alterations in triple-negative breast cancer in association with homologous recombination deficiency doi: 10.1371/journal.pgen.1006853 JGAD00000000095
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
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