NBDC Research ID: hum0088.v2
研究内容の概要
目的： transforming growth factor (TGF)-βスーパーファミリーのサブファミリーの１つであるbone morphogenetic protein（BMP）がグリオーマ幹細胞に与える影響と、BMPによるグリオーマ幹細胞の制御メカニズムを明らかにする。
方法： BMPの標的遺伝子を同定するため、神経膠芽腫（glioblastoma）由来細胞株より抽出したDNAを用いたwhole genome sequencing（WGS）およびRNAを用いたRNA-seq解析を実施。
対象： 神経膠芽腫由来細胞株 2株
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000077 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2019/02/08 |
| JGAS000096 | NGS（WGS） | 制限公開（Type I） | 2019/02/08 |
| JGAS000077 データ追加 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2019/09/10 |
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分子データ
| 対象 | 神経膠芽腫（ICD10：C71.9）：2症例（TGS-01、TGS-04） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform |
Illumina [Genome Analyzer IIx] Thermo Fisher Scientific [Ion Proton] |
| ライブラリソース |
JGAD000077：RNA抽出24時間前にBMP-4で刺激した神経膠芽腫から樹立したグリオーマ幹細胞株（TGS-01、TGS-04）より抽出したmRNA JGAD000263：RNA抽出24時間前に、(1) Ad-EPHA6(WT)、Ad-EPHA6(K757R)もしくはAd-LacZを感染し、(2) BMP-2で刺激もしくは無刺激とされた、神経膠芽腫から樹立したグリオーマ幹細胞株（TGS-01）より抽出したmRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
ScriptSeq v2 RNA-seq Library Preparation Kit（Epicentre） Ion Total RNA-seq Kit v2 （Thermo Fisher Scientific） |
| 断片化の方法 |
Genome Analyzer IIx：酵素反応 Ion Proton：酵素反応（RNase III） |
| ライブラリ構築方法 |
Genome Analyzer IIx：Paired-end Ion Proton：Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
Genome Analyzer IIx：76 bp Ion Proton：200 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| 総データ量 |
JGAD000077：43 GB（fastq） JGAD000263：50 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 神経膠芽腫（ICD10：C71.9）：1症例（TGS-01） |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion Proton] |
| ライブラリソース | 神経膠芽腫から樹立したグリオーマ幹細胞株より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
Ion Fragment plus library Kit Ion PI Template OT2 200 Kit v3 Ion PI Sequencing 200 Kit v3 （Thermo Fisher Scientific） |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Bioruptor UCD-200） |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 200 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000096 |
| 総データ量 | 13 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 宮園 浩平
所 属 機 関： 東京大学大学院 医学系研究科 分子病理学分野
プロジェクト/研究グループ名： -
URL： http://beta-lab.umin.ac.jp/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | TGF-βファミリーのがん微小環境に及ぼす作用とがん治療戦略 | 22112002 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 未分化性維持におけるＢＭＰシグナルの役割 | 24390070 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（S） | TGF-βシグナルによる転写調節とがん悪性化機構 | 15H05774 |
| 日本学術振興会 先端研究拠点事業 国際戦略型 | TGF-βファミリーシグナル国際共同研究拠点 | - |
| 科学研究費助成事業 若手研究 | EphA6 tyrosine kinase as a potential biomarker for BMP-based therapy in adult glioblastoma | 19K16735 |
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型） | TGF-βファミリーによる細胞分化とダイバーシティー獲得の分子基盤 | 17H06326 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Bone morphogenetic protein signaling mediated by ALK-2 and DLX2 regulates apoptosis in glioma-initiating cells. | doi: 10.1038/onc.2017.112 | JGAD000077 |
| 2 | Identification of a novel fusion gene HMGA2-EGFR in glioblastoma. | doi: 10.1002/ijc.31179 |
JGAD000077 JGAD000096 |
| 3 | Tyrosine kinase Eph receptor A6 sensitizes glioma-initiating cells towards bone morphogenetic protein-induced apoptosis. | doi: 10.1111/cas.14187 | JGAD000263 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 |
JGAD000077 JGAD000263 |
2022/12/26-2025/03/31 |
