NBDC Research ID: hum0086.v3

研究内容の概要

目的： 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム（The International Human Epigenome Consortium: IHEC）に参画し、日本人検体から得られた胎盤組織の高品質な標準エピゲノムプロファイルを取得し、データを広く公開し研究基盤形成に貢献する。

方法： Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS)、ChIP-seq、RNA-seq、small RNA-seq

対象： 胎盤（細胞性栄養膜細胞 [正常/CT、胎児発育不全/FGR-CT、妊娠高血圧症候群/PE-CT、18トリソミー/Tri-18-CT]、合胞体栄養膜細胞 [ST]、絨毛外栄養膜細胞 [EVT]、FemaleのCTから作製したヒト胎盤幹細胞 [TS]およびTSをST/EVTへ分化させた細胞、MaleのCTから作製したヒト胎盤幹細胞 [TS]およびTSをST/EVTへ分化させた細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、全胞状奇胎

URL： http://crest-ihec.jp/project/index.html

データID	内容	制限	公開日
JGAS000073 （JGA000074） JGAS000107 （JGA000117）	NGS（WGBS） NGS（ChIP-seq） NGS（RNA-seq） NGS（small RNA-seq）	制限公開（Type I）	2017/09/25 2017/12/26 2018/06/26

データID

内容

制限

公開日

JGAS000073
（JGA000074）

JGAS000107
（JGA000117）

制限公開（Type I）

2017/09/25

2017/12/26

2018/06/26

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分子データ

NGS（WGBS）


対象	胎盤（細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全（ICD10：P059）、妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）、18トリソミー（ICD10：Q913）]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、全胞状奇胎（ICD10：O010）、FemaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）、MaleのCTから作製したTS（未分化）：計28検体
規模	WGBS
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 1500/2500]
ライブラリソース	胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、全胞状奇胎、ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	Post-Bisulfite Adaptor-Tagging（PBAT）法
断片化の方法	PBAT法による（Bisulfite変換に伴うDNA切断）
ライブラリ構築方法	Paired-end、Single-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	101 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID	JGAD000073 JGAD000115
総データ量	JGAD000073：4.08 TB JGAD000115：339.44 GB
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

NGS（ChIP-seq）


対象	胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、FemaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）：計25検体
規模	ChIP-seq
対象領域（Target Captureの場合）	抗体：6種（H3K4me3、H3K4me1、H3K9me3、H3K27ac、H3K27me3、H3K36me3）＋Input
Platform	Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース	胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	Ovation Ultralow System V2 kit (NuGEN) および NEBNext UltraII DNA Library Prep Kit for Illumina
断片化の方法	超音波断片化（Covaris社、 M220）
ライブラリ構築方法	Paired-end、Single-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	51-126 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID	JGAD000073 JGAD000115
総データ量	JGAD000073：4.08 TB JGAD000115：339.44 GB
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

NGS（RNA-seq）


対象	胎盤（細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全（ICD10：P059）、妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）、18トリソミー（ICD10：Q913）]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、FemaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）、MaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）：計34検体
規模	RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース	胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、ヒト胎盤幹細胞より抽出したmRNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit (Illumina)
断片化の方法	熱処理
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	101-126 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID	JGAD000073 JGAD000115
総データ量	JGAD000073：4.08 TB JGAD000115：339.44 GB
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

NGS（small RNA-seq）


対象	胎盤（細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全（ICD10：P059）、妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）、18トリソミー（ICD10：Q913）]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、FemaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）：計23検体
規模	small RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 1500/2500]
ライブラリソース	胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、ヒト胎盤幹細胞より抽出したRNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	NEBNext Small RNA Library Prep Set for Illumina (New England Biolabs)
断片化の方法	-
ライブラリ構築方法	Single-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	64 or 68 bp（アダプター込み）
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID	JGAD000073 JGAD000115
総データ量	JGAD000073：4.08 TB JGAD000115：339.44 GB
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

提供者情報

研究代表者： 佐々木裕之

所属機関： 九州大学生体防御医学研究所

プロジェクト/研究グループ名：革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST）国際ヒトエピゲノムコンソーシアム（IHEC）佐々木チーム

URL： http://crest-ihec.jp/index.html

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
日本医療研究開発機構革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST）	「エピゲノム研究に基づく診断・治療へ向けた新技術の創出」領域

	タイトル	DOI	データID
1	The International Human Epigenome Consortium: A blueprint for scientific collaboration and discovery.	doi: 10.1016/j.cell.2016.11.007	JGAD000073
2	Allele-specific methylome and transcriptome analysis reveals widespread imprinting in the human placenta	doi: 10.1016/j.ajhg.2016.08.021	JGAD000038 (hum0040)
3	Derivation of Human Trophoblast Stem Cells	doi: 10.1016/j.stem.2017.11.004	JGAD000115 JGAD000121 (hum0112)

制限公開データの利用者一覧

研究代表者	所属機関	利用データID	利用期間
Nehemiah Alvarez	De Novo Genomics Corporation	JGAD000073 JGAD000115	2018/02/02-2018/12/31
R. Michael Roberts	University of Missouri, Animal Sciences / Biochemistry	JGAD000073 JGAD000115	2018/03/02-2019/02/15
Guillaume Bourque	McGill University / McGill University & Genome Quebec Innovation Center	JGAD000073 JGAD000115	2018/06/07-2020/03/20
Martin Hirst	BC Cancer	JGAD000073 JGAD000115	2018/08/06-2022/05/31
Zhaobo Lin	ShanghaiTech University	JGAD000073 JGAD000115	2018/11/12-2020/09/01
Zhigang Xue	School of Medicine and Life Science, Tongji University	JGAD000073 JGAD000115	2018/12/17-2022/12/31
Todd Macfarlan	National Institute of Child Health and Human Development	JGAD000073 JGAD000115	2018/12/17-2019/10/31
William S.B. Yeung	Department of Obstetrics and Gynaecology, the University of Hong Kong	JGAD000073 JGAD000115	2019/02/12-2020/12/13
Amir Eden	Department of Cell and Developmental Biology, Insitute of Life Sciences, The Hebrew University of Jerusalem	JGAD000073 JGAD000115	2019/05/07-2021/09/30
Austin Smith	Wellcome-MRC Cambridge Stem Cell Institute, University of Cambridge	JGAD000073 JGAD000115	2019/08/19-2021/10/31
Thorold W. Theunissen	Washington University School of Medicine in St. Louis	JGAD000073 JGAD000115	2019/12/06-2021/09/16
Hui Li	Department of Histoembryology, Genetics and Developmental Biology, Shanghai Jiao Tong University School of Medicine	JGAD000073 JGAD000115	2020/01/15-2023/12/30
大串雅俊	京都大学ウイルス・再生医科学研究所発生システム制御分野	JGAD000073 JGAD000115	2020/03/19-2022/09/26

研究内容の概要

分子データ

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