NBDC Research ID: hum0086.v3
研究内容の概要
目的： 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム（The International Human Epigenome Consortium: IHEC）に参画し、日本人検体から得られた胎盤組織の高品質な標準エピゲノムプロファイルを取得し、データを広く公開し研究基盤形成に貢献する。
方法： Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS)、ChIP-seq、RNA-seq、small RNA-seq
対象： 胎盤（細胞性栄養膜細胞 [正常/CT、胎児発育不全/FGR-CT、妊娠高血圧症候群/PE-CT、18トリソミー/Tri-18-CT]、合胞体栄養膜細胞 [ST]、絨毛外栄養膜細胞 [EVT]、FemaleのCTから作製したヒト胎盤幹細胞 [TS]およびTSをST/EVTへ分化させた細胞、MaleのCTから作製したヒト胎盤幹細胞 [TS]およびTSをST/EVTへ分化させた細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、全胞状奇胎
URL： http://crest-ihec.jp/project/index.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
|
JGAS00000000073 JGAS00000000107 |
制限公開（Type I） |
2017/09/25 2017/12/26 2018/06/26 |
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分子データ
| 対象 | 胎盤（細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全（ICD10：P059）、妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）、18トリソミー（ICD10：Q913）]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、全胞状奇胎（ICD10：O010）、FemaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）、MaleのCTから作製したTS（未分化）：計28検体 |
| 規模 | WGBS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 1500/2500] |
| ライブラリソース | 胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、全胞状奇胎、ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Post-Bisulfite Adaptor-Tagging（PBAT）法 |
| 断片化の方法 | PBAT法による（Bisulfite変換に伴うDNA切断） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end、Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | |
| 総データ量 | 約 2,537 GB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、FemaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）：計25検体 |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 抗体：6種（H3K4me3、H3K4me1、H3K9me3、H3K27ac、H3K27me3、H3K36me3）＋Input |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Ovation Ultralow System V2 kit (NuGEN) および NEBNext UltraII DNA Library Prep Kit for Illumina |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris社、 M220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end、Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 51-126 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | |
| 総データ量 | 約 1,488 GB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 胎盤（細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全（ICD10：P059）、妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）、18トリソミー（ICD10：Q913）]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、FemaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）、MaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）：計34検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、ヒト胎盤幹細胞より抽出したmRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit (Illumina) |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101-126 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | |
| 総データ量 | 約 564 GB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 胎盤（細胞性栄養膜細胞 [正常、胎児発育不全（ICD10：P059）、妊娠高血圧症候群（ICD10：O149）、18トリソミー（ICD10：Q913）]、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、FemaleのCTから作製したTS（未分化、STへ分化、EVTへ分化）：計23検体 |
| 規模 | small RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 1500/2500] |
| ライブラリソース | 胎盤（細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞）、子宮内膜（間質細胞、腺上皮細胞）、ヒト胎盤幹細胞より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Small RNA Library Prep Set for Illumina (New England Biolabs) |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 64 or 68 bp（アダプター込み） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | |
| 総データ量 | 約 16 GB |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 佐々木 裕之
所 属 機 関： 九州大学 生体防御医学研究所
プロジェクト/研究グループ名：革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム（IHEC）佐々木チーム
URL： http://crest-ihec.jp/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） | 「エピゲノム研究に基づく診断・治療へ向けた新技術の創出」領域 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | The International Human Epigenome Consortium: A blueprint for scientific collaboration and discovery. | doi: 10.1016/j.cell.2016.11.007 | JGAD00000000073 |
| 2 | Allele-specific methylome and transcriptome analysis reveals widespread imprinting in the human placenta | doi: 10.1016/j.ajhg.2016.08.021 | JGAD00000000038 (hum0040) |
| 3 | Derivation of Human Trophoblast Stem Cells | doi: 10.1016/j.stem.2017.11.004 | JGAD00000000115 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
| Nehemiah Alvarez | De Novo Genomics Corporation |
JGAD00000000073 JGAD00000000115 |
2018/02/02-2018/12/31 |
| R. Michael Roberts | University of Missouri, Animal Sciences / Biochemistry |
JGAD00000000073 JGAD00000000115 |
2018/03/02-2019/02/15 |
| Guillaume Bourque | McGill University / McGill University & Genome Quebec Innovation Center |
JGAD00000000073 JGAD00000000115 |
2018/06/07-2019/03/22 |
| Martin Hirst | BC Cancer |
JGAD00000000073 JGAD00000000115 |
2018/08/06-2022/05/31 |
| Zhaobo Lin | ShanghaiTech University |
JGAD00000000073 JGAD00000000115 |
2018/11/12-2020/09/01 |
| Zhigang Xue | School of Medicine and Life Science, Tongji University |
JGAD00000000073 JGAD00000000115 |
2018/12/17-2022/12/31 |
| Todd Macfarlan | National Institute of Child Health and Human Development |
JGAD00000000073 JGAD00000000115 |
2018/12/17-2019/10/31 |
