NBDC Research ID: hum0086.v2

 

研究内容の概要

目的: 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム(The International Human Epigenome Consortium: IHEC)に参画し、日本人検体から得られた胎盤組織の高品質な標準エピゲノムプロファイルを取得し、データを広く公開し研究基盤形成に貢献する。

方法: Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS)、ChIP-seq、RNA-seq、small RNA-seq

対象: 胎盤(細胞性栄養膜細胞 [CT]、合胞体栄養膜細胞 [ST]、絨毛外栄養膜細胞 [EVT]、CTから作製したヒト胎盤幹細胞 [TS]、TSをST/EVTへ分化させた細胞、絨毛間質細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)

URL: http://crest-ihec.jp/project/index.html

 

データID内容制限公開日

JGAS00000000073
(JGA00000000074)

JGAS00000000107
(JGA00000000117)

NGS(WGBS)

NGS(ChIP-seq)

NGS(RNA-seq)

NGS(small RNA-seq)

制限公開(Type I)

2017/09/25

2017/12/26

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分子データ

NGS(WGBS)

対象 胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞):20種類+3種(TS女-未分化、TS女-STへ分化、TS女-EVTへ分化)
規模 WGBS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 1500/2500]
ライブラリソース 胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Post-Bisulfite Adaptor-Tagging(PBAT)法
断片化の方法 PBAT法による(Bisulfite変換に伴うDNA切断)
ライブラリ構築方法 Paired-end、Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 101 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID

JGAD00000000073

JGAD00000000115

総データ量 約 2,405 GB
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

NGS(ChIP-seq)

対象 胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞):20種類+4種類(TS女-未分化、TS女-STへ分化、TS女-EVTへ分化、絨毛間質細胞)
規模 ChIP-seq
対象領域(Target Captureの場合) 抗体:6種(H3K4me3、H3K4me1、H3K9me3、H3K27ac、H3K27me3、H3K36me3)+Input
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞、絨毛間質細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、ヒト胎盤幹細胞より抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Ovation Ultralow System V2 kit (NuGEN) および NEBNext UltraII DNA Library Prep Kit for Illumina
断片化の方法 超音波断片化(Covaris社、 M220)
ライブラリ構築方法 Paired-end、Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 51-126 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID

JGAD00000000073

JGAD00000000115

総データ量 約 1,383 GB
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

NGS(RNA-seq)

対象 胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞):20種類+6種(TS女-未分化、TS女-STへ分化、TS女-EVTへ分化、TS男-未分化、TS男-STへ分化、TS男-EVTへ分化)
規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、ヒト胎盤幹細胞より抽出したmRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit (Illumina)
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 101-126 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID

JGAD00000000073

JGAD00000000115

総データ量 約 432 GB
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

NGS(small RNA-seq)

対象 胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養膜幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞):19種類+3種(TS女-未分化、TS女-STへ分化、TS女-EVTへ分化)
規模 small RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 1500/2500]
ライブラリソース 胎盤(細胞性栄養膜細胞、栄養幹細胞、合胞体栄養膜細胞、絨毛外栄養膜細胞)、子宮内膜(間質細胞、腺上皮細胞)、ヒト胎盤幹細胞より抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext Small RNA Library Prep Set for Illumina (New England Biolabs)
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 64 or 68 bp(アダプター込み)
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID

JGAD00000000073

JGAD00000000115

総データ量 約 14 GB
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 佐々木 裕之

所 属 機 関: 九州大学 生体防御医学研究所

プロジェクト/研究グループ名:革新的先端研究開発支援事業(AMED-CREST) 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム(IHEC)佐々木チーム

URL: http://crest-ihec.jp/index.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
国立研究開発法人日本医療研究開 発機構革新的先端研究開発支援事業(AMED-CREST) 「エピゲノム研究に基づく診断・治療へ向けた新技術の創出」領域

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 The International Human Epigenome Consortium: A blueprint for scientific collaboration and discovery. doi: 10.1016/j.cell.2016.11.007 JGAD00000000073
2 Allele-specific methylome and transcriptome analysis reveals widespread imprinting in the human placenta doi: 10.1016/j.ajhg.2016.08.021 JGAD00000000038 (hum0040)
3 Derivation of Human Trophoblast Stem Cells doi: 10.1016/j.stem.2017.11.004 JGAD00000000115

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
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