NBDC Research ID: hum0082.v2

 

研究内容の概要

目的: 日本人健常者におけるゲノム全域のSNPを解析

方法: (1)Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0を使用して約90万個の変異のGenotypeを決定

    (2)Affymetrix Axiom ASI 1 Arrayを使用して約60万個の変異のGenotypeを決定

対象: 日本人健常者419名

 

データID内容制限公開日
hum0082.v1.AFFY6.0.v1 Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0により決定した日本人健常者418名のGentoypeカウント情報 非制限公開 2017/09/26
JGAS00000000120 Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0により決定した日本人健常者418名のGentoypeデータ 制限公開(Type I) 2017/10/03
hum0082.v1.Axiom.v1 Affymetrix Axiom Genome-Wide ASI 1 Arrayにより決定した日本人健常者419名のGenotypeカウント情報 非制限公開 2017/09/26
JGAS00000000120 Affymetrix Axiom Genome-Wide ASI 1 Arrayにより決定した日本人健常者419名のGenotypeデータ 制限公開(Type I) 2017/10/03

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分子データ

hum0082.v1.AFFY6.0.v1/JGAS00000000120

対象 日本人健常者 :418名
規模 genome wide SNPs
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0
ソース 末梢血から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Affymetrix Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty Assay Kit 6.0
遺伝子型決定アルゴリズム(ソフトウェア) Birdseed version 3
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000130
フィルタリング overall call rate < 0.97、SNP call rate < 0.95、HWE P < 0.001、MAF < 0.01
マーカー数(QC後) 647,318 SNPs(hg19)
NBDC Data Set ID

hum0082.v1.AFFY6.0.v1

(データのダウンロードは上記Data Set IDをクリックしてください)

Dictionary file

総データ量

集計情報:69 MB(csv file)

Genotypeデータ:約30 GB(cel file、chp file)

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hum0082.v1.Axiom.v1/JGAS00000000120

対象 日本人健常者 :419名
規模 genome wide SNPs
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Affymetrix Axiom Genome-Wide ASI 1 Array
ソース 末梢血から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Affymetrix AXIOM 2.0 Reagent Kit
遺伝子型決定アルゴリズム(ソフトウェア) Genotyping Console v4.1
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000131
フィルタリング overall call rate < 0.97、SNP call rate < 0.95、HWE P < 0.001、MAF < 0.01
マーカー数(QC後) 490,744 SNPs(hg19)
NBDC Data Set ID

hum0082.v1.Axiom.v1

(データのダウンロードは上記Data Set IDをクリックしてください)

Dictionary file

総データ量

集計情報:41 MB(csv file)

Genotypeデータ:約30 GB(cel file、chp file)

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提供者情報

研究代表者: 徳永 勝士

所 属 機 関: 東京大学大学院 医学系研究科

URL: http://www.humgenet.m.u-tokyo.ac.jp

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
学術振興会 新学術支援領域研究 ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援 221S0002
学術振興会 新学術支援領域研究 先端技術を駆使したHLA多型・進化・疾病に関する統合的研究 22133008

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 A polymorphism in CCR1/CCR3 is associated with narcolepsy doi: 10.1016/j.bbi.2015.05.003

hum0082.v1.AFFY6.0.v1

JGAD00000000130

2 Genome-wide association study of HLA-DQB1*06:02 negative essential hypersomnia doi: 10.7717/peerj.66

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hum0082.v1.Axiom.v1

JGAD00000000131

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
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