NBDC Research ID: hum0068.v1

 

研究内容の概要

目的: ナノポアシークエンサーMinIONを用いた肺腺癌の変異検出手法の確立

方法: ナノポアシークエンサーMinIONによるアンプリコンシークエンス

対象: 肺腺癌8症例

URL: http://kero.hgc.jp/

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000065 NGS(PCR amplicon Seq) 制限公開(Type I) 2017/07/10

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分子データ

JGAS00000000065

対象 肺腺癌:8症例(7検体)
規模 PCR amplicon Seq
対象領域(Target Captureの場合)

EGFR・KRAS領域、および、EML4-ALK・KIF5B-RET領域

検体1:EML4-ALK保有1症例(EML4-ALK領域)と KIF5B-RET保有1症例(KIF5B-RET領域)の増幅産物の混合検体(1検体)

検体2~7:EGFRとKRAS領域の増幅産物(6検体)

Platform Nanopore[MinION]
ライブラリソース 肺腺癌組織より抽出したRNAを逆転写したcDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Nanopore Sequencing Kit (Oxford Nanopore Technologies社)
断片化の方法 PCR
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 367 Mb
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000065
総データ量 889 MB(fastq)
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提供者情報

研究代表者: 河野 隆志

所 属 機 関: 国立がん研究センター ゲノム生物学研究分野

プロジェクト/研究グループ名:-

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 新学術領域研究 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム 16H06279
科学研究費助成事業 新学術領域研究 がんシステムの新次元俯瞰と攻略; ナノポアシークエンサーによるがん細胞の変異検出およびフェーズ情報解析手法の確立 16H01582

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Sequencing and phasing cancer mutations in lung cancers using a long-read portable sequencer. doi: 10.1093/dnares/dsx027 JGAD00000000065
2      

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
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