NBDC Research ID: hum0068.v8
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研究内容の概要
目的： ナノポアシークエンサーMinIONを用いた肺腺がんの変異検出手法の確立
方法： 【PCR amplicon Seq】ナノポアシークエンサーMinIONによるアンプリコンシークエンス
【WGS】NovaSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONによるwhole-genomeシークエンスデータを用いた新規構造異常の同定と評価
【RNA-seq】NovaSeq、HiSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONによるRNAシークエンス
【scDNA-seq】NovaSeqによるsingle cellのwhole-genomeシークエンス
【Target Capture】NovaSeqによるTarget Captureシークエンス
【Visium Spatial Gene Expression】Illuminaによる空間トランスクリプトームVisiumシークエンス
【Multiplex Fluorescence Immunostaining】PhenoCyclerシステムによる多重蛍光免疫染色
【Xenium In Situ Gene Expression】10xによる高性能in situ遺伝子発現マッピング
対象： 肺腺がん8症例＋21症例＋74症例
URL： http://kero.hgc.jp/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000065 | NGS（PCR amplicon Seq） | 制限公開（Type I） | 2017/07/10 |
| JGAS000065 | 制限公開（Type I） | 2020/10/19 | |
| JGAS000349 | 制限公開（Type I） | 2021/12/14 | |
| JGAS000349（データ追加） | 制限公開（Type I） | 2022/03/23 | |
| JGAD000670 | JGAD000252の加工データ | 制限公開（Type I） | 2022/12/27 |
| JGAS000570 |
NGS（RNA-seq：NovaSeq 6000、HiSeq 2000） |
制限公開（Type I） | 2023/02/10 |
| JGAS000570（データ追加） | Xenium In Situ Gene Expression | 制限公開（Type I） | 2023/06/19 |
| JGAS000570（データ追加） | Xenium In Situ Gene Expression | 制限公開（Type I） | 2023/09/22 |
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分子データ
| 対象 | 肺腺がん（ICD10：C349）：8症例（7検体） |
| 規模 | PCR amplicon Seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） |
EGFR・KRAS領域、および、EML4-ALK・KIF5B-RET領域 検体１：EML4-ALK保有1症例（EML4-ALK領域）と KIF5B-RET保有１症例（KIF5B-RET領域）の増幅産物の混合検体（１検体） 検体２～７：EGFRとKRAS領域の増幅産物（６検体） |
| Platform | Nanopore［MinION］ |
| ライブラリソース | 肺腺がん組織より抽出したRNAを逆転写したcDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Nanopore Sequencing Kit（Oxford Nanopore Technologies社） |
| 断片化の方法 | PCR |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 367 Mb |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000065 |
| 総データ量 | 889 MB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：21＋56症例（42＋112検体） 腫瘍組織：21＋56検体 非腫瘍組織：21＋56検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Nano DNA Library Prep kit、TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 2.8 Tb |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| NBDCおよび生命情報・DDBJ センターによる加工データのID |
加工方法はこちら |
| 総データ量 |
2 TB＋23.9 TB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：21＋42症例（41＋8＋81検体） 腫瘍組織：21＋4＋42検体 非腫瘍組織：20 ＋4＋39検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Nanopore [PromethION] |
| ライブラリソース | 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SQK-LSK109 |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 2.7 Tb |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| 総データ量 | 2.4 TB ＋1.4 TB＋23.9 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：6症例（12検体） 腫瘍組織：6検体 非腫瘍組織：6検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Nanopore [PromethION] |
| ライブラリソース | 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、SQK-LSK109 |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均 850 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000463 |
| 総データ量 | 1.4 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
RNA-seq：NovaSeq 6000、HiSeq 2000
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：6＋5＋26症例 （12＋5＋26検体） 腫瘍組織：6＋5＋26検体 非腫瘍組織：6検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000、HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 肺腺がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、Nextera XT DNA Library Preparation Kit、TruSeq Stranded mRNA Library Prep、TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Gold、SMART-Seq Stranded Kit |
| 断片化の方法 | Tagmentation（Nextera XT DNA Library Preparation Kit） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| 総データ量 | 1.4 TB＋941.7 GB＋23.9 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：2症例 腫瘍組織：2検体 |
| 規模 | scDNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 肺腺がんの腫瘍組織より単離した細胞から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Single Cell DNA Reagent Kits（10x Genomics） |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000463 |
| 総データ量 | 941.7 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：36症例 腫瘍組織：36検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） |
NCC Oncopanel v2 https://www.ncc.go.jp/jp/information/pr_release/2019/0529/index.html |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 肺腺がんの腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect NCC oncopanel |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000696 |
| 総データ量 | 23.9 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
Visium Spatial Gene Expression、病理画像
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：3症例 腫瘍組織：3検体 |
| 規模 | Visium Spatial Gene Expression、病理画像 |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 肺腺がんの腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Visium Spatial Gene Expression Reagent Kits |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 118 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000696 |
| 総データ量 | 102.1 GB（fastq、png、json、csv） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
Multiplex Fluorescence Immunostaining
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：3症例 腫瘍組織：3検体 |
| 規模 | Multiplex Fluorescence Immunostaining |
| 対象領域（Target Captureの場合） | Cycle/蛍光タンパク質対応表 |
| Platform | Akoya Biosciences [PhenoCycler] |
| ライブラリソース | 肺腺がんの腫瘍組織 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 細胞処理方法（キット名） | Staining Kit for PhenoCycler |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000696 |
| 総データ量 | 102.1 GB（qptiff） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
Xenium In Situ Gene Expression
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：1症例＋1症例 腫瘍組織：1検体＋1検体 |
| 規模 | Xenium In Situ Gene Expression |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 302遺伝子（Human Lung panel：202遺伝子、カスタム：100遺伝子） |
| Platform | 10x Genomics [Xenium Analyzer] |
| ソース | 肺腺がんの腫瘍組織 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（パネル、キット名、バージョンなど） |
Xenium Slides & Sample Prep Reagents Xenium Decoding Reagents Xenium Decoding Consumables |
| 解析ソフトウェア（可視化ツールなど） |
xenium-1.1.0.2 xenium-1.5.1.2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000696 |
| 総データ量 | 肺腺がん：16.1＋2.1 GB（csv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarr） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 河野 隆志
所 属 機 関： 国立がん研究センター ゲノム生物学研究分野
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 16H06279 |
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | がんシステムの新次元俯瞰と攻略; ナノポアシークエンサーによるがん細胞の変異検出およびフェーズ情報解析手法の確立 | 16H01582 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | ナノポア型長鎖シークエンサーを駆使したがんゲノム異常における新規概念の創出および患者層別化手法の開発 | JP19cm0106539 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | ロングリード技術を駆使した非小細胞肺癌におけるがんゲノム多様性・進化に関する研究 | JP21cm0106582 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療加速化研究事業（P-PROMOTE） | ロングリード技術による肺がんゲノム・エピゲノム不均一性と微小環境ストレスの関係性解明に関する研究開発 | JP23ama221522 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Sequencing and phasing cancer mutations in lung cancers using a long-read portable sequencer. | doi: 10.1093/dnares/dsx027 | JGAD000065 |
| 2 | Long-read sequencing for non-small-cell lung cancer genomes | doi: 10.1101/gr.261941.120 | JGAD000252 JGAD000253 |
| 3 | Phasing analysis of lung cancer genomes using a long read sequencer | doi: 10.1038/s41467-022-31133-6 | JGAD000252 JGAD000253 JGAD000463 |
| 4 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 中岡 博史 | 公益財団法人佐々木研究所 腫瘍ゲノム研究部 | 日本 | 肺がん遺伝子解析研究 | JGAD000252 | 2022/08/06-2023/03/31 |
