NBDC Research ID: hum0066.v1

 

研究内容の概要

目的: 大腸がんのゲノムレベルの腫瘍内不均一性について明らかにする

方法: 大腸がんと肝転移巣の腫瘍組織および正常組織より抽出したDNAを使用したエクソーム解析

対象: 根治的腫瘍切除術を実施した大腸がん9症例

URL: https://www.kyushu-u.ac.jp/f/5858/2016_02_19_2.pdf

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000060 NGS(Exome) 制限公開(Type I) 2016/08/01

※リリース情報はこちら

※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら

 

分子データ

JGAS00000000060

対象 大腸がん:9症例(84検体 [腫瘍組織:71検体、肝転移巣:4検体、正常組織:9検体])
規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース 大腸がん9症例の腫瘍組織、正常組織、および肝転移巣より抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

SureSelect Human All Exon Kit v4.0 (Agilent Technologies)

   1症例9検体(腫瘍組織:8検体、正常組織1検体)

SureSelect Human All Exon Kit v5.0 (Agilent Technologies)

   8症例75検体(腫瘍組織:63検体、肝転移巣:4検体、正常組織:8検体)

断片化の方法 超音波断片化(Covaris社)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000060
総データ量 1545 GB(fastq [1650 files])
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 三森 功士

所 属 機 関: 九州大学病院 別府病院 外科

プロジェクト/研究グループ名: 癌の再発・転移に関与する non-coding RNA の同定とその機序解明

URL:

 

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
先端研究助成基金助成金(最先端・次世代研究開発支援プログラム) 癌の再発・転移に関与する non-coding RNA の同定とその機序解明 LS094
科学研究費助成事業 若手研究(B) 大腸癌におけるMYCとの合成致死作用を持つ遺伝子の同定 25861199
科学研究費助成事業 新学術領域研究 システム的統合理解に基づくがんの先端的診断、治療、予防法の開発 4201
HPCI戦略プログラム 分野1 予測する生命科学・医療および創薬基盤 SCLS課題4

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Integrated Multiregional Analysis Proposing a New Model of Colorectal Cancer Evolution. doi: 10.1371/journal.pgen.1005778 JGAD00000000060
2      

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
Christina Curtis Stanford Univ. JGAD00000000060 2016/08/04-2018/08/01
Go to top