システムメンテナンスのお知らせ (日本語)

遺伝研スパコン定期メンテナンスに伴い、『JGA Submission/Download Tool』および『JGA Meta Viewer』のJGA登録・検索サービスが一時停止します。停止期間:2017/7/21 13:00 - 2017/7/27 24:00(予定)

NBDC Research ID: hum0064.v1

 

研究内容の概要

目的: 

高齢者がん医療に関わる情報データベース(ガイドポスト・データベース)を構築し、高齢者がん症例における(1)各種治療法の有用性の検証(2)治療リスク予測指標・臓器予備能・治療応答の初期推定モデルの策定、を実施することで、高齢者のがん治療アルゴリズムを構築する。

方法:

 【ゲノム・遺伝子解析研究】

    大腸がん、胃がん、肺がん症例の臨床データ、遺伝子多型・変異データ(ダイレクトシークエンス法、TaqMan法)、発現解析データ(qRT-PCR法)、メチル化解析データ(Combined Bisulfite Restriction Analysis:COBRA法)、大腸がんおよび胃がん症例の発現解析データ(マイクロアレイ法)

 【後ろ向き研究】

    大腸がん、胃がん、肺がん、糖尿病・腎障害、循環器疾患、呼吸器疾患症例の治療情報および臨床情報(検査値・高齢者特性)

対象:

 【ゲノム・遺伝子解析研究】

   大腸がん:106症例、胃がん:62症例、肺がん:173症例

 【後ろ向き研究】

   大腸がん:313 症例、胃がん:166 症例、肺がん:344 症例、糖尿病・腎障害:300 症例、循環器疾患:357 症例、呼吸器疾患:49 症例

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000061

【ゲノム・遺伝子解析研究】大腸がん、胃がん、肺がんの臨床情報、多型情報、発現情報、メチル化情報

【後ろ向き研究】大腸がん、胃がん、肺がん、糖尿病・腎障害、循環器疾患、呼吸器疾患症例の臨床情報

制限公開(Type I) 2016/08/26

※リリース情報はこちら

※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら

 

分子データ

【ゲノム・遺伝子解析研究】

対象⋆1 大腸がん:106症例、胃がん:62症例、肺がん:173症例
規模

【ダイレクトシークエンス法】XRCC1-1449delGGCC、TYMS_3UTR_6R_INS、TYMS_5UTR_3R_VNTR、EGFR、KRAS、BRAF、ERBB2、TP53

【TaqMan法】ABCB1、ABCC1、ABCC2、CYP1B1、CYP2A6、CYP2C8、CYP3A4、CYP3A5、DPYD、ERCC1、ERCC2、GSTP1、UGT1A1、XRCC1、XRCC3   各遺伝子の変異(rsID等)一覧参照

【GSTM1 GSTT1 deletion mutant multiplex PCR法⋆2】 GSTM1、GSTT1

【qRT-PCR法】 ABCB1、ABCC1、ABCC2、ABCG2、ACTB、ALAD、ASPRV1、BCL2、BRCA1、C20orf43、DMKN、DPYD、ERCC1、GAPDH、GDA、GSTP1、HPRT1、KRAS、MFTHR、OPRT、RRM1、TMEM18、TOP1、TUBB3、TYMS、UGT2B10、UMPS

【COBRA法】 APC、CDKN2A、MLH1

【マイクロアレイ法】 41,000 probes⋆3 (対象:27,934 遺伝子、胃がん:23,288遺伝子、大腸がん:23,295遺伝子)

【治療・臨床情報】 項目一覧参照

Platform

【ダイレクトシークエンス法】

  シーケンサー:ABI社 Genetic Analyzer 3130

【TaqMan法】

  解析キット:Thermo Fisher Scientific社 TaqMan® SNP Genotyping Assays

  qPCR装置:Roche社 LightCycler 480II

【qRT-PCR法】

  qPCRキット:Thermo Fisher Scientific社 ABsolute QPCR Mix

  qPCR装置:Roche社 LightCycler 480II

【COBRA法】

  バイサルファイト処理:ZYMO Research社 EZ DNA Methylation-Gold Kit

  PCRキット:Thermo Fisher Scientific社 AmpliTaqGold

【マイクロアレイ法】

  ラベリング:Agilent社 Quick-Amp Labeling Kit

  チップ:Agilent社 Whole Human Genome DNA マイクロアレイ 4x44K

  スキャナー:Agilent社 G2565BA

ソース

【ダイレクトシークエンス法】 腫瘍組織もしくは非腫瘍組織から抽出したDNA

【TaqMan法】 腫瘍組織もしくは非腫瘍組織から抽出したDNA

【qRT-PCR法】 腫瘍組織から抽出したRNA

【COBRA法】 腫瘍組織から抽出したDNA

【マイクロアレイ法】 腫瘍組織から抽出したRNA

マイクロアレイ標準化方法 JGA00000000061の実験の補足情報を参照のこと
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000061
総データ量 37 MB(txt)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

*1:対象の条件は以下の通り

試料提供時に、ヒトゲノム・遺伝子解析研究を含む研究への試料提供について、患者本人ないしはその代諾者から文書による同意が得られ、連結不可能匿名化により個人情報保護が確立されている保管試料(A群試料)で下記要件を満たす症例(死亡例も含む)よりの採取試料、または、この条件を満たした試料を用いて解析され、研究参加各施設で連結不可能匿名化されてデータベース化されているゲノム遺伝子解析情報のうち本研究の対象となるもの

1) 大腸がん、胃がん、肺がんいずれかの確定診断が得られている症例

2) 2002年9月1日以降にがん治療(最善支持療法を含む)が行なわれた症例

3) 上記治療の開始時の年齢が40歳以上の症例

4) 年齢、性別、ステージ、予後(5年以上:死亡例では死亡時まで)が明らかな症例、ないしは年齢、性別、ステージ、治療内容、治療応答、予後(5年以上:死亡例では死亡時まで)が明らかな症例

5) 本研究登録前に、ヒトゲノム・遺伝子解析研究を含む研究への試料提供について、患者本人ないしはその代諾者から文書による同意が得られている症例

*2:Chen CL, Liu Q, Relling MV: Simultaneous characterization of glutathione S-transferase M1 and T1 polymorphisms by polymerase chain reaction in American whites and blacks. Pharmacogenetics. 1996 Apr;6(2):187-91. (PMID: 9156696

*3:プローブの位置情報はGGRNA(https://ggrna.dbcls.jp/ja/) を参照のこと

 

【後ろ向き研究】

対象⋆4

【がん症例】

大腸がん:313 症例

胃がん:166 症例

肺がん:344 症例

 

【非がん症例】

糖尿病・腎障害:300 症例

循環器疾患:357 症例

呼吸器疾患:49 症例

規模

治療情報、臨床情報(検査値情報・高齢者特性情報)

項目一覧参照

Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000061
総データ量 1 MB(txt)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

*4:対象の条件は以下の通り

【がん症例】

1) 大腸がん、胃がん、肺がんいずれかの確定診断が得られている症例

2) 2002年9月1日から2005年8月31日までの間にがん治療(最善支持療法を含む)が行なわれた症例

3) 上記治療の開始時の年齢が40歳以上の症例

4) 5年以上(死亡例では死亡時まで)の治療経過観察情報の提供が可能な症例

【非がん症例】

1) 循環器、呼吸器、糖尿病・腎障害のいずれかの疾患と診断された症例

2) がんの既往のない、または、がんの既往があっても2002年9月1日以前に治癒したと判断された症例

3) 2002年9月1日から2005年8月31日までの間に循環器、呼吸器、糖尿病・腎障害の治療が行われた症例

4) 上記治療の開始時の年齢が40歳以上の症例

5) 5年以上(死亡例では死亡時まで)の治療経過観察情報の提供が可能な症例

 

 

提供者情報

研究代表者: 西山 正彦

所 属 機 関: 群馬大学大学院 医学系研究科 病態腫瘍薬理学分野

URL: http://www.med.gunma-u.ac.jp/med-organization/biosys/biosys-tumor/3717.html

プロジェクト/研究グループ名: 厚生労働科学研究費補助金・第3次対がん総合戦略研究事業

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
厚生労働科学研究費補助金・第3次対がん総合戦略研究経費 高齢者がん治療アルゴリズム開発のためのガイドポスト・データベースの構築と必須情報及びその推定モデルの策定 一般-010

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Genetic and Prognostic Differences of Non-small Cell Lung Cancer between Elderly Patients and Younger Counterparts. - JGAD00000000061
2 Impact of age on epidermal growth factor receptor mutation in lung cancer. doi: 10.1016/j.lungcan.2012.09.006 JGAD00000000061
3 Association between a genome-wide association study-identified locus and the risk of lung cancer in Japanese population. doi: 10.1097/JTO.0b013e3182475028 JGAD00000000061
4 Thoracic radiotherapy with or without daily low-dose carboplatin in elderly patients with non-small-cell lung cancer: a randomised, controlled, phase 3 trial by the Japan Clinical Oncology Group (JCOG0301) doi: 10.1016/S1470-2045(12)70139-0 JGAD00000000061
5 Progression-free survival as a surrogate for overall survival in advanced/recurrent gastric cancer trials: a meta-analysis. doi: 10.1093/jnci/djt269 JGAD00000000061
6 Risk factors associated with recurrence of surgically resected node-positive non-small cell lung cancer. doi: 10.1007/s00595-015-1301-5 JGAD00000000061

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間
Go to top