NBDC Research ID: hum0060.v1

 

研究内容の概要

目的: 再発・転移性乳がんの原発巣と再発巣の腫瘍組織を同一患者から採取し、全エクソンシーケンス解析(Whole Exome Sequencing: WES)等による分子プロファイリングを実施することで、再発・転移性乳がんの特徴を検出する。

方法: Illumina HiSeq 2000を使用したWES

対象: 乳がん65症例の非腫瘍組織、原発巣(腫瘍組織)、および、転移巣(腫瘍組織)の合計175検体

 

データID内容制限公開日
JGAS00000000075 NGS(Exome) 制限公開(Type I) 2018/04/03

※リリース情報はこちら

※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら

 

分子データ

JGAS00000000075

対象 再発・転移性乳がん:65症例(175検体)
規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース 非腫瘍組織、原発巣(腫瘍組織)、および、転移巣(腫瘍組織)から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect Human All Exon V5 + lincRNA
断片化の方法 超音波断片化(Covaris E220)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID JGAD00000000075
総データ量 4 TB(fastq [350 files])
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy および P-DIRECT policy

 

提供者情報

研究代表者: 三木 義男

所 属 機 関: 東京医科歯科大学 難治疾患研究所

プロジェクト/研究グループ名:-

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム(P-DIRECT) 分子プロファイリングによる新規標的同定を通じた難治がん治療法開発(再発性乳がんに特徴的な新規遺伝子変異の同定)
科学研究費助成事業(科学研究費補助金)(特定奨励費) 先進的がん治療法開発のためのマルチオミック解析による基盤的基礎研究患者腫瘍検体のゲノム・エピゲノム情報解析とデータベース構築

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間